Przepis różnicujący sytuację prawną podatników w zależności od tego, jaki organ dokonuje kontroli podatkowej, stawiający w gorszej sytuacji podatników kontrolowanych przez organy kontroli skarbowej poprzez pozbawienie ich prawa nienaliczania odsetek za okres trwającego na ich majątku zabezpieczenia, jest niezgodny z Konstytucją - wyrok Trybunału Konstytucyjnego z 18 października 2011 r. (sygn. akt

Postępowania prowadzone w ramach kontroli skarbowej mogą być formalnie zakończone dwoma dokumentami - decyzją albo wynikiem kontroli. W praktyce problemy pojawiają się w przypadku wydania przez organ kontrolny wyniku kontroli, ponieważ podatnicy mają często wątpliwości, jakie są skutki takiego aktu.