Do momentu zakończenia inwestycji określonego w decyzji o wsparciu, dochody i koszty działalności inwestycyjnej kwalifikują jako opodatkowane, a spółka może korzystać z ulg o ile koszty nie zmniejszają dochodu zwolnionego. Straty przed zakończeniem inwestycji rozlicza się według generalnych reguł CIT.