Koszty wdrożenia Oprogramowania, z wyłączeniem kosztów operacyjnych i bieżącego utrzymania, jako usługi związane z jego przystosowaniem, zwiększają wartość początkową WNP, podlegającą amortyzacji podatkowej zgodnie z art. 16g ust. 3 ustawy o CIT; jednocześnie mogą być one zaliczone do kosztów kwalifikowanych inwestycji zgodnie z § 8 ust. 1 pkt 4 rozporządzenia WNI.

Wydatki związane z tworzeniem i rozwijaniem innowacyjnych rozwiązań informatycznych X i Y mogą być kwalifikowane jako koszty działalności badawczo-rozwojowej zgodnie z art. 4a pkt 26 ustawy o CIT, z zastrzeżeniem, że koszty licencji i hostingu w modelu subskrypcyjnym nie spełniają kryteriów dla uznania ich za koszty kwalifikowane ulgi B+R.

W świetle art. 18d ustawy o CIT, działalność polegająca na tworzeniu oprogramowania, będąca działalnością twórczą i systematyczną, może być uznana za badawczo-rozwojową, z możliwością odliczenia odpowiednich kosztów osobowych jako kosztów kwalifikowanych; jednakże wydatki na licencje czy usługi zewnętrzne, niebędące WNiP, nie stanowią kosztów kwalifikowanych.

Wynagrodzenia za rozwój Systemu X są dochodem z kwalifikowanego IP, podlegającym 5% stawce CIT jako dochód z działalności badawczo-rozwojowej. Jednak koszty pośrednie, jak marketing i podróże służbowe, nie mogą być bezpośrednio przypisane do działalności badawczo-rozwojowej w kalkulacji wskaźnika nexus.