Podatnik ma prawo do odliczenia podatku VAT z faktury wystawionej poza KSeF, gdy mimo ciążącego obowiązku dostawca tego nie dopełnił, z zastrzeżeniem, że datą powstania prawa do odliczenia jest data faktycznego otrzymania tej faktury przez nabywcę.

Podatnik VAT ma prawo do odliczenia podatku naliczonego od faktur zakupowych wystawionych niezgodnie z obowiązkiem użycia Krajowego Systemu e-Faktur, o ile spełnione są inne przesłanki materialnoprawne uzyskania tego prawa. Brak zgodności formalnej w wystawieniu faktury nie stanowi przesłanki uniemożliwiającej odliczenie VAT, pod warunkiem, że faktura dokumentuje rzeczywiste zdarzenie gospodarcze.

Faktury wystawione poza Krajowym Systemem e-Faktur mogą być uznane za podstawę zaliczenia wydatków do kosztów uzyskania przychodów oraz ustalenia wartości początkowej środków trwałych, o ile spełniają formalne i materialne wymogi właściwej dokumentacji podatkowej i gospodarczej.