Koszty wdrożenia Oprogramowania, z wyłączeniem kosztów operacyjnych i bieżącego utrzymania, jako usługi związane z jego przystosowaniem, zwiększają wartość początkową WNP, podlegającą amortyzacji podatkowej zgodnie z art. 16g ust. 3 ustawy o CIT; jednocześnie mogą być one zaliczone do kosztów kwalifikowanych inwestycji zgodnie z § 8 ust. 1 pkt 4 rozporządzenia WNI.

Oddanie naczep do odpłatnego używania nie powoduje konieczności wyłączenia ich wartości z kosztów kwalifikowanych stanowiących podstawę zwolnienia z CIT na mocy decyzji o wsparciu nowej inwestycji. Najem spełnia wymagany warunek utrzymania własności przez okres 5 lat.

Zapłata Zachęty przez wynajmującego nie wpływa na zmniejszenie wartości kosztów kwalifikowanych dla potrzeb decyzji o wsparciu, zgodnie z przepisami o Polskiej Strefie Inwestycji.

Wydatki inwestycyjne nieujęte uprzednio w dokumentacji PSI mogą być uznane za kwalifikowane do objęcia pomocą publiczną w formie zwolnienia z CIT, o ile spełniają warunki związane z realizacją nowej inwestycji określonej przez art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT i Rozporządzenie WNI.

Dochód z działalności gospodarczej prowadzonej w części przy udziale podwykonawców poza obszarem objętym decyzją o wsparciu podlega zwolnieniu z podatku dochodowego, pod warunkiem, że usługi te mają charakter pomocniczy i funkcjonalnie związane są z procesami realizowanymi na obszarze wskazanym w decyzji.

Nie jest możliwe uznanie wydatków na maszyny do produkcji nowych komponentów za koszty kwalifikowane nowej inwestycji definiowanej jako zwiększenie zdolności produkcyjnej istniejącego zakładu; stąd dochód z ich sprzedaży nie może korzystać ze zwolnienia podatkowego na podstawie decyzji o wsparciu.

Wydatki na nabycie nieużywanego towaru handlowego od podmiotu powiązanego, który nie został wprowadzony do ewidencji środków trwałych i spełnia kryteria nowości, stanowią koszty kwalifikowane nowej inwestycji, umożliwiając przedsiębiorcy zwolnienie z opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, pod warunkiem nabycia tych aktywów na warunkach rynkowych.

Jeżeli podatnik prowadzi ewidencję rachunkową umożliwiającą precyzyjne określenie dochodu z działalności objętej uchyloną decyzją o wsparciu oraz kwoty niezapłaconego podatku, może zastosować art. 17 ust. 6 pkt 1 lit. b Ustawy CIT przy rozliczeniu podatkowym, niezależnie od posiadania więcej niż jednej decyzji o wsparciu.

Koszty wdrożenia systemu informatycznego i nabycia licencji kwalifikować należy jako wartości niematerialne i prawne podlegające amortyzacji, z okresem amortyzacji nie krótszym niż 24 miesiące, co wynika z przepisów art. 16b ust. 1 pkt 5 oraz art. 16m ust. 1 ustawy o CIT.

Korekty cen transferowych dotyczące działalności produkcyjnej objętej zakresem decyzji o wsparciu, powinny być rozpoznane w okresie, którego dotyczą, i przypisane do działalności zwolnionej z opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT.

Nieuzyskanie dochodu w ramach inwestycji określonej w decyzji o wsparciu, skutkujące niekorzystaniem ze zwolnienia na mocy art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o p.d.o.p., umożliwia zastosowanie wyłączenia z obowiązku sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych zgodnie z art. 11n pkt 1 ustawy o p.d.o.p.

Wydatki poniesione na nabycie nieruchomości gruntowej od podmiotu powiązanego, jako koszty kwalifikowane, wpływają na wysokość pomocy publicznej w postaci zwolnienia od podatku dochodowego w zakresie nowej inwestycji w świetle decyzji o wsparciu, o której mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT.

Podatnik uzyskuje prawo do korzystania ze zwolnienia podatkowego na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT od miesiąca, w którym zrealizowana inwestycja zacznie generować przychód, niezależnie od wcześniejszego ponoszenia kosztów kwalifikowanych.

Wydatki na infrastrukturę okołoprodukcyjną, taką jak magazyn wysokiego składowania i zagospodarowanie terenu, stanowią koszty kwalifikowane w rozumieniu Rozporządzenia WNI, wpływające na wysokość zwolnienia podatkowego zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT.

Cena zakupu netto nieruchomości od podmiotu powiązanego, w ramach decyzji o wsparciu nowej inwestycji, może być uznana za koszt kwalifikowany, zgodnie z § 8 ust. 1 pkt 1 Rozporządzenia o WNI, jeśli spełnia wymogi kwalifikowalności przewidziane w przepisach podatkowych.

Kary umowne mogą być alokowane do źródła przychodów podlegającego opodatkowaniu lub zwolnieniu stosując klucz przychodowy, o którym mowa w art. 15 ust. 2 i 2a u.p.d.o.p., jeżeli przypisanie ich do konkretnego źródła przychodu jest niemożliwe.

Koszty uzyskania przychodów, których nie można jednoznacznie przypisać do działalności zwolnionej lub opodatkowanej, powinny być alokowane stosownie do proporcji przychodów zwolnionych i opodatkowanych w ogólnej kwocie przychodów, zgodnie z art. 15 ust. 2 i 2a ustawy o CIT.

Wygaśnięcie decyzji o wsparciu z art. 17 ust. 5 Ustawy o WNI skutkuje utratą prawa do zwolnienia z datą złożenia wniosku o wygaszenie, a nie ex tunc. Koszty związane z działalnością zwolnioną nie mogą być przeksięgowane na działalność opodatkowaną.

Koszty dzierżawy nieruchomości od podmiotów powiązanych mogą stanowić koszty kwalifikowane dla celów uzyskania pomocy publicznej w formie zwolnienia podatkowego, pod warunkiem spełnienia określonych w przepisach wymogów dotyczących długości umowy czy miejsca realizacji inwestycji.

Niemożność stosowania ryczałtu od dochodów spółek w przypadku posiadania decyzji o wsparciu wobec nowych inwestycji i braku osiągnięcia z nich dochodów, wykluczając podatnika z możliwości korzystania z estońskiego CIT, na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, niezależnie od faktycznej realizacji tych dochodów przez inwestujący podmiot.

Moment poniesienia wydatku inwestycyjnego kwalifikowanego do obliczania pomocy publicznej, zgodnie z § 10 Rozporządzenia o WNI, wymaga zarówno rzeczywistej zapłaty, jak i ujęcia środka trwałego w ewidencji. Zatem koszt uznaje się za poniesiony tylko po spełnieniu tych dwóch warunków.

Podatnik może stosować alternatywne metody alokacji kosztów wspólnych, w tym opartych na zużyciu surowca, pod warunkiem wiarygodnego odzwierciedlenia rzeczywistego podziału kosztów, jeżeli metoda ta jest bardziej adekwatna niż klucz przychodowy określony w art. 15 ust. 2 ustawy o CIT.

Wydatki poniesione na nowe inwestycje, w tym hale produkcyjne, budynki administracyjne i infrastrukturę, kwalifikują się jako koszty dające prawo do zwolnienia podatkowego na mocy art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, a odpisy amortyzacyjne tych inwestycji mogą być uznane za koszty uzyskania przychodów, tym samym podlegając zwolnieniu podatkowemu.

Przychody i koszty uzyskania przychodów związane ze sprzedażą produktów oraz usług montażu, wykonywanych w ramach wspieranej inwestycji, stanowią element kalkulacyjny wyniku podatkowego działalności zwolnionej, zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, nawet jeżeli część działań jest realizowana poza terenem wsparcia.