W okresie, gdy KSeF jest fakultatywny, jednostka samorządu terytorialnego może zdecydować, że tylko wybrane jej jednostki organizacyjne będą wystawiały i odbierały faktury w ramach KSeF, zgodnie z indywidualną akceptacją kontrahentów, nie wiążąc tej zgody z całą JST.

Faktury ustrukturyzowane wystawiane na rzecz zagranicznych kontrahentów poprzez Krajowy System e-Faktur mogą być sporządzane w całości lub częściowo w języku obcym, pod warunkiem, że wszystkie wymagane przepisami prawa elementy zostaną zachowane, a zawartość faktury odpowiada informacji przekazanej w formacie XML do systemu.