Podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego z faktur zakupowych wystawionych poza Krajowym Systemem e-Faktur, mimo istniejącego obowiązku ich ustrukturyzowanego wystawienia, pod warunkiem, że transakcje są rzeczywiste, związane z działalnością opodatkowaną i nie zachodzą negatywne przesłanki wyłączające to prawo.

Oznaczenie faktur w ewidencji JPK VAT wymaga zachowania zgodności z trybem ich wystawienia i źródłem pochodzenia; oznaczenie BFK obowiązuje dla faktur zagranicznych oraz pdf, podczas gdy korekta z ulgi na złe długi zachowuje pierwotne oznaczenie faktury. Rabaty pośrednie wymagają notyfikacji jako DI i WEW.

Podatnicy w przypadku błędów w danych podmiotu trzeciego na fakturze ustrukturyzowanej, które nie wpływają na opodatkowanie ani stronę transakcji (JST), mogą dokonać korekty poprzez fakturę korygującą. Taka korekta jest neutralna podatkowo i nie wymaga uwzględnienia w ewidencjach podatkowych VAT i JPK_V7.

Podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur wystawionych poza KSeF bez konieczności dokonywania korekty struktury JPK_V7M, pod warunkiem, że faktury te spełniają formalne i materialne wymogi odliczenia VAT.

W przypadku pomyłki w numerze NIP kontrahenta, podatnik jest zobowiązany do wystawienia faktury korygującej „do zera” i nowej faktury z poprawnym NIP; te dokumenty powinny być ujęte w ewidencji za okres, w którym powstał obowiązek podatkowy dla pierwotnej faktury, uwzględniając ograniczenia KSeF.

Podatnik jest zobowiązany do wystawienia faktury korygującej "do zera" oraz ponownie nowej faktury z prawidłowym NIP, ujmując te dokumenty w okresie, w którym powstała pierwotna obowiązek podatkowy; działanie to nie skutkuje powstaniem zaległości podatkowej.

Jeżeli faktura ustrukturyzowana zawiera błędny numer NIP, konieczne jest wystawienie faktury korygującej do zera oraz nowej faktury z prawidłowym NIP. Rozliczenie powinno nastąpić w okresie obowiązkowego podatkowego faktury pierwotnej.

Podatnik ma prawo odliczenia podatku VAT naliczonego z faktur zakupowych wystawionych przez dostawców w formie innej niż ustrukturyzowana (pap. lub elektroniczna), nawet wbrew obowiązkowi użycia KSeF, o ile spełnione są inne warunki uprawniające do odliczenia, zgodnie z art. 86 ust. 1 i przy braku negatywnych przesłanek z art. 88 ustawy VAT.

Podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia VAT naliczonego z faktur wystawionych poza KSeF, pod warunkiem spełnienia materialnych przesłanek odliczenia, a późniejsza strukturalna wysyłka przez KSeF nie wymaga korekty JPK_V7M.

Otrzymanie faktury VAT wystawionej poza KSeF nie pozbawia podatnika prawa do odliczenia podatku naliczonego, pod warunkiem spełnienia przesłanek materialnych, a przesłanie faktury ponownie przez KSeF nie wymaga korekty JPK_V7M.

Podatnik VAT ma prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur nieustrukturyzowanych, poza KSeF, o ile spełnione są warunki materialne do odliczenia i transakcje są rzeczywiste, bez wymogu korygowania JPK_V7M przy późniejszym wprowadzeniu faktury do KSeF.

W okresie, gdy KSeF jest fakultatywny, jednostka samorządu terytorialnego może zdecydować, że tylko wybrane jej jednostki organizacyjne będą wystawiały i odbierały faktury w ramach KSeF, zgodnie z indywidualną akceptacją kontrahentów, nie wiążąc tej zgody z całą JST.

Faktury ustrukturyzowane wystawiane na rzecz zagranicznych kontrahentów poprzez Krajowy System e-Faktur mogą być sporządzane w całości lub częściowo w języku obcym, pod warunkiem, że wszystkie wymagane przepisami prawa elementy zostaną zachowane, a zawartość faktury odpowiada informacji przekazanej w formacie XML do systemu.