Podmioty, które prowadzą księgi podatkowe z użyciem programów komputerowych, nie mają obowiązku przesyłania faktur VAT dokumentujących zakup w formacie JPK. Taki obowiązek (przekazywania plików zgodnych z formatem JPK_FA) dotyczy wyłącznie faktur sprzedaży.

Poczynając od 1 lipca 2016 r., na "dużych przedsiębiorców" został nałożony obowiązek przesyłania do MF informacji o ewidencji prowadzonej dla celów VAT. Ewidencja ta ma być przekazywana w wymaganej przez fiskusa formie elektronicznej, umożliwiającej organom podatkowym automatyczną kontrolę przekazywanych danych. Pozostali przedsiębiorcy (mikro, mali i średni) zostali czasowo zwolnieni z tego obowiązku