Koszty wdrożenia Oprogramowania, z wyłączeniem kosztów operacyjnych i bieżącego utrzymania, jako usługi związane z jego przystosowaniem, zwiększają wartość początkową WNP, podlegającą amortyzacji podatkowej zgodnie z art. 16g ust. 3 ustawy o CIT; jednocześnie mogą być one zaliczone do kosztów kwalifikowanych inwestycji zgodnie z § 8 ust. 1 pkt 4 rozporządzenia WNI.

Wynagrodzenia za rozwój Systemu X są dochodem z kwalifikowanego IP, podlegającym 5% stawce CIT jako dochód z działalności badawczo-rozwojowej. Jednak koszty pośrednie, jak marketing i podróże służbowe, nie mogą być bezpośrednio przypisane do działalności badawczo-rozwojowej w kalkulacji wskaźnika nexus.