Rekompensata otrzymywana przez operatora transportu publicznego od gminy, mająca na celu pokrycie strat finansowych związanych z usługami użyteczności publicznej, nie stanowi podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług, gdyż nie wpływa bezpośrednio na cenę świadczonych usług.

Jednostka samorządu terytorialnego nie ma prawa do stosowania indywidualnej metody obliczenia proporcji VAT od zakupów związanych z inwestycjami, jeżeli zaproponowana metoda nie lepiej odzwierciedla specyfiki działalności i nie jest bardziej miarodajna od metody wskazanej w odpowiednim rozporządzeniu Ministra Finansów.