Zielone Certyfikaty nie mieszczą się w dozwolonej prawem działalności fundacji rodzinnej jako papiery wartościowe, co wymaga ich opodatkowania. Ponadto, fundacja rodzinna nie ma prawa do odliczenia podatku od przychodów z budynków od 15% podatku od świadczeń na rzecz beneficjentów.

Fundacja rodzinna, będąc właścicielem wszystkich lokali w budynku, nie podlega opodatkowaniu podatkiem dochodowym od przychodu ze środków trwałych będących budynkami, gdyż lokale te są odrębną własnością, a nie budynkiem w rozumieniu art. 24b ust. 1 ustawy o CIT.

Podatek dochodowy od przychodów z budynków fundacji rodzinnej, określony w art. 24b ustawy o CIT, nie może być pomniejszany o należny podatek CIT w wysokości 15% od świadczeń wypłaconych beneficjentom, zgodnie z art. 24q ustawy o CIT.