Podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur wystawionych poza KSeF w czasie awarii systemu, jeżeli spełnione są materialne warunki odliczenia, niezależnie od braku wymaganych kodów QR na fakturach, a prawo to realizuje się w okresie powstania obowiązku podatkowego nie wcześniej niż przy faktycznym otrzymaniu faktury.

W przypadku WNT i importu usług, zagraniczne faktury w ewidencji VAT oznaczane są jako BFK, zgodnie z rozporządzeniem. Odliczenie VAT możliwe jest w momencie otrzymania faktury zgodnej z art. 106e ustawy o VAT, nawet wystawionej poza KSeF.

Z dniem 1 lutego 2026 r. został uchylony art. 106na ust. 2 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (dalej: ustawa o VAT), co oznacza, że otrzymywanie e-faktur nie wymaga już akceptacji odbiorcy. Faktura wystawiona w KSeF, która została przyjęta do systemu i otrzymała numer KSeF, jest automatycznie dostępna po stronie nabywcy, o ile w dokumencie został uwzględniony jego identyfikator