Gmina nie ma prawa do odliczenia VAT naliczonego związanego z inwestycją realizowaną w ramach zadań publicznych niepodlegających opodatkowaniu VAT, zgodnie z art. 86 ust. 1 i art. 15 ust. 6 ustawy o VAT.

Miasto A jest uprawnione do odliczenia 100% podatku VAT od wydatków związanych wyłącznie z budową samoobsługowej toalety publicznej, a także do częściowego odliczenia VAT od wspólnych kosztów projektu, przy jednoczesnym braku prawa do odliczenia VAT przy wydatkach na węzeł przesiadkowy jako niegenerujących czynności opodatkowanych.

Dofinansowanie otrzymane na realizację projektu nie stanowi podstawy opodatkowania podatkiem VAT, gdyż nie jest bezpośrednio związane z ceną konkretnych świadczonych usług, lecz z ogólną realizacją projektu jako całości.

Rekompensata wypłacana przez gminę za świadczenie usług publicznego transportu zbiorowego, która ma na celu pokrycie strat działalności, nie wchodzi w podstawę opodatkowania VAT, gdyż nie stanowi wynagrodzenia za usługę ani subwencji bezpośrednio związanej z ceną świadczonych usług przewozowych, zgodnie z art. 29a ust. 1 ustawy o VAT oraz orzecznictwem TSUE.

Miastu przysługuje prawo do odliczenia pełnej kwoty VAT poniesionego na wydatki infrastruktury autobusowej, jako że służą one celom opodatkowanym VAT, a nieodpłatne przejazdy towarzyszą działalności gospodarczej prowadzonej przez Miasto i nie prowadzą do wykonywania czynności poza działalnością gospodarczą.

Uznanie nieodpłatnego udostępnienia autobusów na podstawie umowy cywilnoprawnej związkowi za czynność niepodlegającą opodatkowania oraz braku uznania wnioskodawcy za podatnika z tytułu wykonywania tych czynności.

Brak opodatkowania nieodpłatnego udostępnienia Spółce nabytych w ramach realizacji Projektu autobusów i urządzeń, brak prawa do odliczenia podatku naliczonego od wydatków na realizację Projektu.