Rekompensata uzyskiwana przez Spółkę od Miasta z tytułu świadczenia usług transportu zbiorowego nie stanowi elementu podstawy opodatkowania w VAT, gdyż nie wpływa bezpośrednio na cenę tych usług, będąc przeznaczona na pokrycie ogólnych kosztów działalności publicznej przewoźnika.

Miastu przysługuje prawo do odliczenia pełnej kwoty VAT poniesionego na wydatki infrastruktury autobusowej, jako że służą one celom opodatkowanym VAT, a nieodpłatne przejazdy towarzyszą działalności gospodarczej prowadzonej przez Miasto i nie prowadzą do wykonywania czynności poza działalnością gospodarczą.

Jednostka samorządu terytorialnego nie ma prawa do odliczenia podatku naliczonego VAT od wydatków na realizację projektu publicznego, jeżeli inwestycja nie jest wykorzystywana do czynności opodatkowanych VAT i nie generuje przychodów.

Uznanie nieodpłatnego udostępnienia autobusów na podstawie umowy cywilnoprawnej związkowi za czynność niepodlegającą opodatkowania oraz braku uznania wnioskodawcy za podatnika z tytułu wykonywania tych czynności.

Brak opodatkowania nieodpłatnego udostępnienia Spółce nabytych w ramach realizacji Projektu autobusów i urządzeń, brak prawa do odliczenia podatku naliczonego od wydatków na realizację Projektu.

Brak prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, wynikającego z faktur wystawionych na okoliczność poniesienia kosztów związanych z realizacją zadań w ramach projektu.