Podatnikowi nie przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego z tytułu nabycia towarów i usług, jeśli są one używane do czynności niepodlegających opodatkowaniu VAT, nawet jeżeli podatnik jest czynnym podatnikiem podatku od towarów i usług.

Zwolnienie od podatku VAT zgodnie z art. 43 ust. 1 pkt 28 stosuje się do nauczania języków obcych Fundacji, a zwrot nakładów jako odpłatne świadczenie usług podlega VAT; nieodpłatne udostępnianie nieruchomości w ramach działalności statutowej nie podlega VAT.

Fundacja nie ma prawa do odliczenia podatku naliczonego od wydatków poniesionych na projekt edukacyjny, ponieważ związany jest on z działalnością statutową nieobjętą opodatkowaniem VAT.

Fundacja realizująca cele statutowe, finansowane ze środków zewnętrznych, jako podmiot nieprowadzący działalności gospodarczej, nie posiada statusu podatnika VAT dla tych czynności, w konsekwencji nie ma prawa do odliczenia podatku naliczonego w związku z realizacją umowy finansowanej z funduszy europejskich.

Fundacja rodzinna założona w Liechtensteinie przez polskiego rezydenta podlega uznaniu za zagraniczną jednostkę kontrolowaną, a wniesienie majątku osobistego nie skutkuje opodatkowaniem niezrealizowanych zysków, ponieważ Polska nie traci prawa do opodatkowania dochodów z jego zbycia. Także wkład do fundacji nie generuje przychodu podatkowego.

Nieodpłatne udostępnienie nieruchomości przez fundację rodzinną na cele mieszkaniowe nie generuje opodatkowanego podatkiem PIT przychodu po stronie beneficjentów, jeżeli beneficjenci należą do zerowej grupy podatkowej wobec fundatora, a świadczenie jest objęte zwolnieniem wskazanym w art. 21 ust. 1 pkt 157 lit. b ustawy o PIT.

Wypłata świadczeń przez fundację rodzinną na rzecz beneficjentów nie pomniejsza się o 15% podatek dochodowy, obciążający majątek fundacji, nie zaś beneficjentów; fundacja działa jako podatnik, nie płatnik podatku (art. 24q ust. 1 pkt 1 Ustawy o CIT).

Świadczenia przekazywane przez fundację rodzinną na rzecz beneficjentów podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym w wysokości 15% wartości świadczenia, przy czym beneficjent otrzymuje pełną kwotę świadczenia, a podatek obciąża majątek fundacji, jako podatnika, zgodnie z art. 24q ust. 1 pkt 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.

Nieodpłatne udostępnienie nieruchomości przez fundację rodzinną beneficjentowi, zgodnie z art. 2 ust. 2 u.f.r., stanowi świadczenie podlegające opodatkowaniu CIT według stawki 15%, ustalanej na podstawie równowartości czynszu za najem.

Udostępnienie przez fundację rodzinną nieruchomości beneficjentowi bez czynszu, ale z pokrywaniem kosztów eksploatacji, stanowi opodatkowane świadczenie majątkowe na rzecz beneficjenta według stawek CIT, z wyłączeniem kwalifikacji jako „ukryty zysk”.

Objęcie udziałów przez fundację rodzinną i posiadanie udziałów w spółkach zależnych uniemożliwia spółce kontynuowanie opodatkowania w formie estońskiego CIT, co skutkuje zakończeniem tej formy opodatkowania z końcem roku podatkowego poprzedzającego spełnienie tych warunków.

Udostępnienie przez fundację rodzinną nieruchomości na cele mieszkaniowe za rynkowy czynsz, mieszczące się w zakresie dozwolonej działalności, nie generuje opodatkowanego przychodu CIT, korzystając ze zwolnienia zgodnie z art. 6 ust. 1 pkt 25 ustawy o CIT.

Dochody fundacji rodzinnej z tytułu czasowego udostępniania papierów wartościowych w ramach umowy nienazwanej, na podstawie art. 5 ust. 1 pkt 2 ustawy o fundacji rodzinnej, są zwolnione z podatku dochodowego od osób prawnych na podstawie art. 6 ust. 1 pkt 25 ustawy o CIT, o ile działalność mieści się w ustawowo określonym zakresie.

Najem nieruchomości mieszkalnej przez fundację rodzinną na rzecz beneficjentów za rynkowy czynsz stanowi działalność mieszczącą się w ramach dozwolonej działalności fundacji rodzinnej, zatem korzysta ze zwolnienia z CIT i nie stanowi podstawy do opodatkowania jako ukryte świadczenie podlegające 15% CIT.

Spółka z o.o., której udziałowiec pełni funkcje fundatora i członka zarządu fundacji, ma prawo do opodatkowania ryczałtem, o ile nie posiada on praw do świadczeń majątkowych jako fundator lub beneficjent, zgodnie z art. 28j ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT.

Działania Fundacji w ramach Programu P oraz F nie stanowią działalności gospodarczej w rozumieniu art. 15 ust. 1-2 ustawy o VAT i nie podlegają opodatkowaniu VAT. W związku z powyższym, Fundacji nie przysługuje prawo do odliczenia VAT od wydatków związanych z tymi działaniami, z wyjątkiem wydatków mieszanych, dla których stosowany jest prewspółczynnik VAT.

Podatnikowi, który realizuje projekt non-profit finansowany ze środków publicznych i niewiązany z czynnościami opodatkowanymi, nie przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego, zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT.

Świadczenia wypłacane na rzecz fundatora i beneficjenta fundacji rodzinnej, będącego osobą bliską, są zwolnione z opodatkowania PIT, jeśli ich wartość odpowiada sumie proporcji mienia wniesionego przez fundatora i bliskie osoby, zgodnie z art. 21 ust. 1 pkt 157 oraz ust. 49 ustawy o PIT.

Świadczenia z Fundacji Rodzinnej dla beneficjentów w tzw. grupie zerowej są zwolnione z PIT, a Fundacja nie musi pobierać zaliczek na podatek. Inne świadczenia opodatkowano zryczałtowanym 10% podatkiem.

Zwolnienie z CIT fundacji rodzinnej z tytułu sprzedaży lokalu w budynku na gruncie otrzymanym darowizną nie obejmuje mienia wytworzonego przez fundację będącego przedmiotem dalszego zbycia, co wykracza poza art. 5 ustawy o fundacji rodzinnej i art. 6 ust. 7 ustawy o CIT. Fundamentem jest cel stworzenia fundacji, który jest niezgodny z działalnością deweloperską.

Wynajem nieruchomości przez fundację rodzinną podmiotom powiązanym, wykorzystywanym na cele działalności gospodarczej, nie podlega zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych, a uzyskane z tego tytułu przychody są opodatkowane na zasadach ogólnych. Fundacja może pomniejszać podatek od świadczeń o kwotę zapłaconego podatku z wynajmu, o ile nie doszło do jego przedawnienia.

Fundacja, jako podmiot niebędący czynnym podatnikiem VAT i wykorzystujący nabyte towary oraz usługi do czynności niepodlegających opodatkowaniu, nie posiada prawa do odliczenia podatku VAT, zgodnie z art. 86 ust. 1 oraz art. 88 ust. 4 ustawy o VAT.

Przeniesienie akcji spółki akcyjnej na rzecz fundacji rodzinnej w formie darowizny, bez prawa do odliczenia podatku VAT przy ich nabyciu, nie stanowi czynności opodatkowanej podatkiem od towarów i usług, gdyż nie wypełnia definicji odpłatnej dostawy towarów ani świadczenia usług na mocy ustawy o VAT.

Wypłata świadczeń na rzecz fundatora będącego beneficjentem fundacji rodzinnej, gdy fundatorzy są małżonkami, korzysta z pełnego zwolnienia z PIT zgodnie z art. 21 ust. 1 pkt 157 ustawy PIT, w związku z proporcją wniesienia mienia do fundacji określoną w ustawie o fundacji rodzinnej.