W przypadku gdy przekazywane środki pieniężne nie stanowią zapłaty za fakturę VAT, lecz są jedynie rozliczeniem z użytkownikami, obowiązek umieszczania numeru KSeF w tytule przelewów nie występuje na mocy art. 108g ustawy o VAT.

Podatnik może oznaczać każdą fakturę ustrukturyzowaną w systemie KSeF adnotacją „mechanizm podzielonej płatności” nawet w przypadkach, gdy dana transakcja nie spełnia przesłanek obowiązkowego stosowania MPP. Takie działanie jest uznane za dopuszczalne i nie stanowi naruszenia przepisów ustawy o VAT.

Wydatki udokumentowane fakturami zakupowymi wystawionymi bez użycia KSeF, mimo takiego obowiązku, mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów na podstawie art. 15 ust. 1 Ustawy CIT, o ile faktury te spełniają wymogi dokumentacyjne i materialne uznania wydatku za koszt podatkowy.

Warunek „odbioru faktury” finalnego nabywcy węglowego, w rozumieniu art. 31a ust. 3i ustawy akcyzowej, zostaje spełniony z chwilą przydzielenia numeru KSeF fakturze w trybach online i offline, oraz w trybie awaryjnym, o ile nie nastąpi wcześniejsze faktyczne otrzymanie tej faktury poza KSeF przez nabywcę.

Anulowanie faktur, które nie zostały wprowadzone do obrotu prawnego ani przesłane do KSeF, jest dopuszczalne bez obowiązku ich korekty, pod warunkiem, że nie dokumentują faktycznego zdarzenia gospodarczego.

Podatnik ma prawo do zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów wydatków udokumentowanych fakturami zakupowymi wystawionymi poza KSeF, jeśli spełniają one inne wymogi formalne i materialne przewidziane przez ustawę o rachunkowości i potwierdzają rzeczywiste transakcje gospodarcze.

Adnotacja „mechanizm podzielonej płatności” na fakturze jest obowiązkowa wyłącznie przy spełnieniu przesłanek z art. 106e ust. 1 pkt 18a ustawy o VAT. Faktura mogąca, lecz nie musząca zawierać tej adnotacji, nie powoduje powstania nowych obowiązków płatniczych po stronie nabywcy.

Nieprzestrzeganie obowiązku wystawienia faktury przez KSeF nie eliminuje możliwości uznania jej za dowód księgowy na potrzeby zaliczenia wydatku do kosztów uzyskania przychodów w CIT, o ile spełnia inne formalne przesłanki określone przez ustawę o CIT.

Wystawienie faktur zakupu przez kontrahenta poza Krajowym Systemem e-Faktur (KSeF), mimo obowiązku ich ustrukturyzowania, nie uniemożliwia nabywcy skorzystania z prawa do odliczenia podatku VAT naliczonego, przy spełnieniu materialnych przesłanek podatkowych.

Wydatki spełniające definicję kosztów uzyskania przychodów, udokumentowane fakturami wystawionymi poza KSeF, mogą być zaliczane do kosztów uzyskania przychodów na gruncie CIT, pod warunkiem spełnienia wszystkich innych przesłanek podatkowych, niezależnie od naruszenia obowiązku wystawiania faktur ustrukturyzowanych w KSeF.

Dopuszczalne jest odliczenie podatku naliczonego na podstawie faktur otrzymanych poza Krajowym Systemem e-Faktur, o ile faktura odzwierciedla faktycznie realizowaną transakcję, pozostając w zgodzie z art. 86 ustawy o VAT, a jej późniejsze ewentualne przesłanie do KSeF pozostaje bez wpływu na powstanie prawa do odliczenia.

Faktury otrzymane poza KSeF, przy założeniu rzeczywistej transakcji i spełnienia przesłanek odliczenia, uprawniają do odliczenia VAT naliczonego od daty ich faktycznego otrzymania.

Prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego, wynikającego z faktur wystawionych poza KSeF, przysługuje w momencie ich faktycznego otrzymania, pod warunkiem, że spełnione są pozostałe warunki uprawniające do tego prawa, zgodnie z art. 86 ustawy o VAT.