Koszty wdrożenia Oprogramowania, z wyłączeniem kosztów operacyjnych i bieżącego utrzymania, jako usługi związane z jego przystosowaniem, zwiększają wartość początkową WNP, podlegającą amortyzacji podatkowej zgodnie z art. 16g ust. 3 ustawy o CIT; jednocześnie mogą być one zaliczone do kosztów kwalifikowanych inwestycji zgodnie z § 8 ust. 1 pkt 4 rozporządzenia WNI.

Moment utraty prawa do zwolnienia podatkowego wynikającego z decyzji o wsparciu i zezwolenia w SSE następuje z dniem złożenia przez przedsiębiorcę wniosku o stwierdzenie ich wygaśnięcia.

Kary umowne za opóźnienia w dostawie towaru, które nie wynikają z wad towaru, mogą być uznane za koszty uzyskania przychodów, o ile są ponoszone w celu zachowania lub zabezpieczenia źródła przychodów i spełniają warunki art. 15 ust. 1 ustawy o CIT.

Straty wynikające z likwidacji nie w pełni umorzonych środków trwałych (X i Innych Strefowych Środków Trwałych) nie stanowią wyłączenia z kosztów uzyskania przychodów, o ile nie są skutkiem zmiany rodzaju prowadzonej działalności, co umożliwia ich zaliczenie do kosztów uzyskania przychodów działalności pozastrefowej według zasad ogólnych (art. 16 ust. 1 pkt 6 ustawy o CIT).

Wynik podatkowy ze sprzedaży narzędzi do Centrali, jako odrębnego podmiotu, nie kwalifikuje się jako zwolniony od podatku na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, gdyż nie wynika z działalności strefowej, co skutkuje koniecznością jego opodatkowania na zasadach ogólnych.

Środki uzyskane z FGŚP przez podatnika prowadzącego działalność gospodarczą na terenie SSE, w związku z dofinansowaniem wynagrodzeń pracowników, stanowią dochód zwolniony z podatku CIT na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT jako bezpośrednio związane z działalnością strefową.

Dofinansowania do wynagrodzeń z FGŚP przyznane na podstawie art. 15gg ustawy o COVID-19, związane z działalnością na terenie SSE, mogą stanowić dochód zwolniony z opodatkowania CIT zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, jeśli wykazano ścisły związek z działalnością objętą zezwoleniem.

Dofinansowanie wynagrodzeń pracowników ze środków FGŚP stanowi przychód podatkowy. Jednakże, kiedy związane jest z działalnością na terenie specjalnej strefy ekonomicznej, może to być przychód zwolniony z opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, gdyż jest związany z działalnością prowadzoną w ramach strefy.

Brak możliwości określenia wartości dostępnego zwolnienia podatkowego przed terminem złożenia zeznania zwalnia spółkę z obowiązku kalkulacji i wpłaty zaliczek na CIT dla dochodów związanych z działalnością na zasadach decyzji o wsparciu.

Dofinansowanie otrzymane na podstawie art. 15g i 15gg Ustawy o COVID-19, w zakresie wynagrodzeń pracowników związanych z działalnością strefową, stanowi przychód zwolniony z podatku dochodowego. Wpływy z działalności pozastrefowej stanowią przychód podlegający opodatkowaniu podatkiem dochodowym na zasadach ogólnych.

Stwierdzenie wygaśnięcia zezwolenia na działalność w SSE zgodnie z art. 19 ust. 5 pkt 3 UoSSE, nie obliguje do zwrotu pomocy publicznej. Po wygaśnięciu zezwolenia, spółka, spełniając wymogi, może wybrać opodatkowanie ryczałtem od dochodów spółek (tzw. „CIT estoński”) w bieżącym roku podatkowym.

Wynagrodzenie otrzymane za zobowiązanie się do wyłącznego zakupu komponentów od kontrahenta nie stanowi przychodu zwolnionego z opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, jako że nie jest bezpośrednim następstwem działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej zgodnie z zezwoleniem.

Usługi wsparcia sprzedaży nabywane od podmiotów powiązanych od 1 stycznia 2019 r. podlegają limitowaniu w zaliczaniu do kosztów uzyskania przychodów na mocy art. 15e ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych jako usługi podobne do doradczych. Ograniczenia nie obejmują kosztów uwzględnianych w działaniach strefowych wolnych od podatku.

Dochodów uzyskanych z nowej inwestycji realizowanej na terenie określonym decyzją o wsparciu, do momentu jej zakończenia, nie obejmuje zwolnienie od CIT przewidziane w art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT; stanowią one przychody z działalności opodatkowanej wraz z kosztami, które mogą być rozliczane na zasadach ogólnych.

Przychody i koszty uzyskania związane ze sprzedażą oprzyrządowania, służącego produkcji wyrobów zwolnionych, stanowią element kalkulacyjny zwolnionej działalności gospodarczej na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a ustawy o CIT, o ile działalność ta jest bezpośrednio powiązana z działalnością prowadzoną na terenie strefy w oparciu o uzyskane zezwolenia/ decyzje.

Koszty uzyskania przychodu ponoszone przez spółkę w związku z zamkniętą dywizją w specjalnej strefie ekonomicznej, po formalnym wygaśnięciu zezwoleń, mogą być kwalifikowane jako koszty działalności opodatkowanej, z wyłączeniem amortyzacji budynku i strat niezamortyzowanych środków trwałych, które utraciły przydatność gospodarczą. Wygaśnięcie zezwolenia jest jednoznaczne z momentem złożenia wniosku

Nakłady związane z zakupem i montażem instalacji fotowoltaicznej, które nie zostały określone w dokumentacji PSI jako część nowej inwestycji, nie mogą być traktowane jako koszty kwalifikowane do objęcia pomocą publiczną w formie zwolnienia podatkowego, gdyż nie przyczyniają się do zwiększenia zdolności produkcyjnych ani do dywersyfikacji produkcji.

Wydatki na budowę hali, instalacje oraz zagospodarowanie terenu, spełniające kryteria funkcjonalne i formalne określone w przepisach, mogą stanowić koszty kwalifikowane do objęcia zwolnieniem z podatku dochodowego w ramach wsparcia dla nowych inwestycji zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT.

Wygaśnięcie decyzji o wsparciu na skutek złożenia wniosku przez przedsiębiorcę powoduje utratę prawa do zwolnienia podatkowego z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy CIT od dnia doręczenia tego wniosku właściwemu organowi, jako że decyzja ma charakter deklaratoryjny i bezprzedmiotowość następuje z dniem złożenia wniosku.

Zwrotne koszty kwalifikowane na nowe inwestycje, które uzależniają prawo do zwolnienia podatkowego, muszą zostać faktycznie poniesione i ujawnione jako środki trwałe w ewidencji. Zwolnienie może być realizowane od momentu generowania dochodów z działalności powstałej na podstawie tych inwestycji, a nie wyłącznie na etapie ponoszenia kosztów.

Podatnik, który zrealizował inwestycję typu greenfield na terenie Specjalnej Strefy Ekonomicznej, jest uprawniony do skorzystania ze zwolnienia podatkowego od wydatków inwestycyjnych począwszy od miesiąca ich poniesienia, z obowiązkiem dokonania korekt deklaracji podatkowych CIT-8 w granicach przedawnienia zobowiązania podatkowego aż do wyczerpania pomocy publicznej.

Dochód uzyskiwany z produkcji z materiału powierzonego przez Spółkę X w SSE podlega zwolnieniu z CIT, o ile działalność ta mieści się w zakresie zezwolenia strefowego i odbywa się w całości na terenie SSE, na co wskazują przepisy art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT.

Zmiana statusu przedsiębiorcy z małego na średniego po dacie uzyskania decyzji o wsparciu nie wpływa na wskaźnik maksymalnej intensywności pomocy publicznej ustalony na dzień jej wydania.

Strata podatkowa powstała w wyniku działalności objętej decyzją o wsparciu, pomimo jej późniejszego wygaszenia, nie może być rozliczana z dochodami opodatkowanymi na zasadach ogólnych. Przychody i koszty związane z taką działalnością należy wyłączyć z dochodów stanowiących podstawę opodatkowania.