Obszar Wyłącznej Strefy Ekonomicznej dla celów VAT może być traktowany jako terytorium Polski, o ile czynności realizowane w tej strefie są objęte suwerennymi prawami kraju. Towary przemieszczane z Polski na WSE mogą być uznane za krajową dostawę, co uprawnia podatnika do odliczenia podatku VAT naliczonego.

Dostawa paliwa do statków wykorzystywanych w strefie przyległej do morza terytorialnego Rzeczypospolitej Polskiej, podlega opodatkowaniu stawką 0% VAT, jako zaopatrzenie statków używanych do żeglugi na pełnym morzu, zgodnie z art. 83 ust. 1 pkt 10 lit. a) ustawy o VAT.

Przywóz komponentów do polskiej wyłącznej strefy ekonomicznej nie stanowi importu towarów w rozumieniu ustawy o VAT, pod warunkiem że towary nie podlegają celnym formalnościom przywozowym. W takim przypadku obowiązek podatkowy z tytułu importu nie powstaje.

Przywóz komponentów farmy wiatrowej z państw spoza UE na teren WSE, z uwagi na nieprzebiegające celnym formalnościom przywozowym, nie skutkuje powstaniem obowiązku podatkowego w VAT na gruncie polskiej ustawy o VAT.