Dofinansowanie wynagrodzeń pracowników ze środków FGŚP stanowi przychód podatkowy. Jednakże, kiedy związane jest z działalnością na terenie specjalnej strefy ekonomicznej, może to być przychód zwolniony z opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, gdyż jest związany z działalnością prowadzoną w ramach strefy.

Prawo do zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych z tytułu dochodów uzyskanych z działalności na terenie specjalnej strefy ekonomicznej, prowadzonej na podstawie ważnego zezwolenia, nie zależy od terminu złożenia deklaracji podatkowej, lecz od faktycznego uzyskania dochodu w trakcie okresu funkcjonowania strefy.

Zwolnienie z CIT dochodów uzyskanych w specjalnej strefie ekonomicznej obowiązuje do daty zakończenia funkcjonowania strefy, niezależnie od późniejszej daty złożenia deklaracji podatkowej.

Prawo do zwolnienia z opodatkowania dochodu uzyskanego z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej, przyznane na mocy ważnego zezwolenia, zależy od momentu uzyskania dochodu, a nie od terminu złożenia deklaracji podatkowej.

Ewidencja rachunkowa dla działalności gospodarczej prowadzonej w Specjalnej Strefie Ekonomicznej oraz na podstawie decyzji o wsparciu musi być prowadzona odrębnie, a rozliczanie pomocy publicznej wymaga wydzielenia dochodów zgodnie z poszczególnymi podstawami prawnymi, tj. zezwoleń strefowych i decyzji o wsparciu.

Dochód uzyskany z działalności prowadzonej do 31 grudnia 2026 r. na terenie SSE, zwolniony podatkowo na mocy art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, pozostaje takim niezależnie od terminu złożenia deklaracji podatkowej po tym okresie.

Przychód ze zwrotu kosztów związanych z wadliwymi wyrobami nie korzysta z podatkowego zwolnienia strefowego, a refundacja wydatków na świadczenia gwarancyjne stanowi przychód podlegający opodatkowaniu, zgodnie z art. 12 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.

Pomoc publiczna w formie zwolnień podatkowych wynikających z zezwoleń strefowych oraz z decyzji o wsparciu powinna być rozliczana odrębnie dla każdego dokumentu, a nie chronologicznie według ich dat wydania. Dochody z działalności prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej i na podstawie decyzji o wsparciu nie podlegają łączeniu.

Dodatnie różnice kursowe od zobowiązań Spółki, których nie można przypisać do Działalności strefowej, stanowią przychód pozastrefowy opodatkowany zgodnie z ogólnymi zasadami CIT, natomiast ujemne różnice kursowe traktowane są jako koszty wspólne, alokowane według klucza przychodowego w myśl art. 15 ust. 2 ustawy CIT.

Spółka jest zobowiązana rozpocząć korzystanie ze zwolnienia podatkowego począwszy od miesiąca, w którym upłynął termin zakończenia inwestycji określony w decyzji o wsparciu, tj. od lutego 2025 roku, jak stanowi § 9 ust. 1 Rozporządzenia o WNI.

Wynagrodzenie z tytułu transferu projektów poza teren SSE stanowi przychód pozastrefowy, zgodnie z art. 7 CIT, a koszty uzyskania przychodów obejmują jedynie koszty związane bezpośrednio z przychodami pozastrefowymi, nie uwzględniając m.in. kosztów pozbawionych związku z uzyskaniem przychodu, zgodnie z art. 15 ust. 1 CIT.

Wynagrodzenie uzyskane z tytułu transferu projektów "Exit fee" nie jest przychodem strefowym zwolnionym z opodatkowania, lecz podlega opodatkowaniu jako przychód pozastrefowy. Koszty związane z przeniesieniem projektów mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów tylko wtedy, gdy spełniają warunki określone w art. 15 ustawy o CIT, z wyłączeniem kosztów roszczeń pracowniczych i zerwania kontraktów

Brak możliwości określenia wartości dostępnego zwolnienia podatkowego przed terminem złożenia zeznania zwalnia spółkę z obowiązku kalkulacji i wpłaty zaliczek na CIT dla dochodów związanych z działalnością na zasadach decyzji o wsparciu.

Dochód uzyskany przez przedsiębiorcę z działalności na terenie SSE do dnia jej wygaśnięcia 31 grudnia 2026 r., nawet jeśli wykazany w deklaracji podatkowej złożonej po tej dacie, podlega zwolnieniu podatkowemu na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 Ustawy CIT, zgodnie z zasadami ochrony praw nabytych.

Odszkodowanie otrzymane w związku z uszkodzeniem i utraconymi korzyściami na terenie SSE nie stanowi przychodu zwolnionego z podatku zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, gdyż nie bezpośrednio wynika z działalności objętej zezwoleniem strefowym, lecz z pokrywania szkód przez ubezpieczyciela.

Działalność Spółki w zakresie projektów badawczo-rozwojowych kwalifikuje się jako działalność badawczo-rozwojowa w rozumieniu art. 4a pkt 26 ustawy o CIT, co uprawnia Spółkę do korzystania z ulgi B+R poprzez odliczenie kosztów wynagrodzeń w proporcji przypisanej do działalności B+R od podstawy opodatkowania.

Dofinansowanie otrzymane na podstawie art. 15g i 15gg Ustawy o COVID-19, w zakresie wynagrodzeń pracowników związanych z działalnością strefową, stanowi przychód zwolniony z podatku dochodowego. Wpływy z działalności pozastrefowej stanowią przychód podlegający opodatkowaniu podatkiem dochodowym na zasadach ogólnych.

Otrzymane dofinansowanie na podstawie art. 15g i 15gg Ustawy o Covid-19, w części dotyczącej działalności strefowej, stanowi przychód związany z działalnością na terenie SSE i jest zwolnione, zaś uznanie takich przychodów i kosztów wymaga odpowiedniej alokacji opartej na proporcji przychodowej.

Koszty kwalifikowane nowej inwestycji w kontekście zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych mogą być uwzględniane wyłącznie, jeśli zostały poniesione faktycznie i w okresie ważności decyzji o wsparciu. Wydatki poniesione przed wydaniem decyzji nie mogą stanowić podstawy do zwolnienia, ponieważ przepisy o zwolnieniach podatkowych wymagają ścisłej interpretacji.

Podatnik, niewykończający limitu pomocy publicznej na działalność w SSE, nie może skutecznie wybrać opodatkowania estońskim CIT. Dodanie przesłanek formalnych warunkuje nieskuteczność uprzednio złożonego zawiadomienia o wyborze ryczałtu, umożliwiając ponowną deklarację przy spełnieniu ustawowych warunków.

Podatnik jest uprawniony do stosowania obniżonych stawek amortyzacyjnych wobec środków trwałych wprowadzonych do ewidencji przed 1 stycznia 2021 roku, które są wykorzystywane w działalności zwolnionej w Specjalnej Strefie Ekonomicznej, z możliwością późniejszego podwyższenia tych stawek do wysokości określonej w Wykazie.

Limit kosztów świadczeń niematerialnych, o którym mowa w art. 15e ust. 1 ustawy o CIT, należy wyliczać bez uwzględnienia przychodów oraz kosztów uzyskania przychodów ze źródeł wolnych od opodatkowania CIT. Koszty związane z działalnością zwolnioną winny być pominięte w kalkulacji podatkowej EBITDA na potrzeby ustalania tego limitu.

Stwierdzenie wygaśnięcia zezwolenia na działalność w SSE zgodnie z art. 19 ust. 5 pkt 3 UoSSE, nie obliguje do zwrotu pomocy publicznej. Po wygaśnięciu zezwolenia, spółka, spełniając wymogi, może wybrać opodatkowanie ryczałtem od dochodów spółek (tzw. „CIT estoński”) w bieżącym roku podatkowym.