Koszty kwalifikowane dla ulgi badawczo-rozwojowej w podatkowej grupie kapitałowej mogą być odliczane jedynie w wysokości dochodów poszczególnych spółek członkowskich; transakcje wewnętrzne między spółkami PGK nie mogą być uznane za kwalifikowane.

Spółka jest uprawniona do odliczenia od podstawy opodatkowania w CIT kosztów prowadzenia działalności B+R, o ile koszty te nie są zwracane Spółce w jakiejkolwiek formie ani odliczane od podstawy opodatkowania, co oznacza, że metodologia rozliczania koszt plus marża przy transakcjach wewnątrzgrupowych nie stanowi zwrotu kosztów kwalifikowanych.

Brak opodatkowania przepływów finansowych związanych i wynikających z uregulowania/ rozliczenia zobowiązania podatkowego podatkowej grupy kapitałowej, realizowanych między podmiotami tej grupy.