Gmina ma prawo do odliczenia podatku VAT z faktur zakupowych w zakresie, w jakim wydatki są związane z czynnościami opodatkowanymi. W przypadkach, gdy wydatki dotyczą działań mieszanych, stosuje się proporcję, o której mowa w przepisach wykonawczych.

Rekompensata wypłacana przez organizatora publicznego transportu zbiorowego operatorowi z tytułu świadczenia usług transportowych, która służy wyrównaniu kosztów działalności, nie stanowi obrotu w świetle art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, i tym samym nie podlega opodatkowaniu VAT.

Rekompensata wypłacana przez jednostkę samorządu terytorialnego za usługi publicznego transportu zbiorowego nie stanowi podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług, ponieważ ma charakter odszkodowawczy i jest niezależna od konkretnych świadczeń, co nie wpływa także na stosowanie proporcji przy odliczaniu podatku naliczonego.

Podatnik VAT świadczący opodatkowane usługi transportu publicznego ma prawo odliczyć pełną kwotę podatku VAT naliczonego od wydatków, pomimo powiązania z rekompensatą, o ile wydatki te służą wyłącznie działalności gospodarczej opodatkowanej, zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT.

Rekompensata otrzymywana przez spółkę od gminy za wykonywanie zadań w zakresie przewozu osób nie stanowi podstawy opodatkowania VAT, ponieważ nie jest związana bezpośrednio z ceną usług. Spółka nie ma obowiązku wystawiania faktur VAT, lecz możliwe jest dokumentowanie rekompensaty notą księgową.

Usługi doradcze w zakresie IT wykluczają możliwość korzystania ze zwolnienia podmiotowego z VAT na podstawie art. 113 ust. 13 pkt 2 lit. b ustawy o VAT. Podatnik miał obowiązek rejestracji jako czynny podatnik VAT od rozpoczęcia działalności.

Gmina refakturując media powinna stosować stawki VAT zgodne z fakturami dostawców mediów. Przysługuje jej zatem prawo do pełnego odliczenia VAT naliczonego, gdyż dokonuje odsprzedaży według wyjściowych stawek VAT, a zakupy te wykorzystywane są w działalności podlegającej opodatkowaniu VAT.