Przemieszczenie towarów nieunijnych przez Polskę w procedurze tranzytu zmienia miejsce opodatkowania na terytorium docelowe zakończenia procedury tranzytu. W takich przypadkach nie powstaje w Polsce obowiązek rejestracji jako podatnik VAT ani obowiązek rozliczenia podatku VAT, nawet przy fizycznym transporcie przez terytorium RP.

Transport towarów z państwa trzeciego przez terytorium Polski do innego kraju UE z zastosowaniem procedury tranzytu nie skutkuje wystąpieniem importu towarów na terytorium Polski dla celów VAT, jeśli zakończenie tej procedury następuje poza Polską.