Koszty bezpośrednio poniesione na prace rozwojowe zakończone wynikiem pozytywnym, w tym wydatki na wytworzenie prototypu będącego ich rezultatem, stanowią wartość początkową WNIP z art. 16b ust. 2 pkt 3 ustawy o CIT. Późniejsza sprzedaż prototypu nie obniża tej wartości, zaś otrzymanie refundacji wydatków po rozpoczęciu amortyzacji uzasadnia bieżącą korektę kosztów odpisów amortyzacyjnych.

Autorskie programy komputerowe wytworzone lub rozwinięte w ramach systematycznych, twórczych prac rozwojowych stanowią kwalifikowane prawa własności intelektualnej w rozumieniu art. 24d ust. 2 pkt 8 ustawy o CIT, a dochód z nich zawarty w cenie usługi może korzystać z IP Box. W uldze B+R kosztem kwalifikowanym mogą być media, amortyzacja oraz materialny sprzęt specjalistyczny, lecz nie niematerialne

Odpłatne zbycie gruntu stanowiącego majątek wspólny małżonków, w części uprzednio wykorzystywanej przez jednego z nich w prowadzonej działalności gospodarczej poprzez odpłatny najem rozliczany jako przychód z tej działalności, generuje wyłącznie u tego małżonka przychód z działalności gospodarczej na podstawie art. 14 ust. 2 pkt 1 ustawy o PIT, niezależnie od nieujęcia gruntu w ewidencji środków trwałych

Systematyczne, twórcze i ukierunkowane na wykorzystanie wiedzy prace nad stworzeniem oraz istotnym rozwojem produktu informatycznego stanowią działalność badawczo-rozwojową w rozumieniu art. 4a pkt 26–28 ustawy o CIT. Kosztami kwalifikowanymi ulgi B+R mogą być wynagrodzenia i objęte art. 18d ust. 2 pkt 1 i 1a ustawy o CIT świadczenia oraz składki, a także odpisy amortyzacyjne, jednak wyłącznie w części

Nabycie w drodze kupna zespołu składników służących działalności maklerskiej, obejmującego aktywa, prawa i obowiązki z umów, należności, zobowiązania, środki pieniężne oraz personel, wyodrębnionego organizacyjnie, finansowo i funkcjonalnie oraz zdolnego do samodzielnego kontynuowania tej działalności, stanowi nabycie zorganizowanej części przedsiębiorstwa w rozumieniu art. 4a pkt 4 ustawy o CIT; zastosowanie

Zbycie zabudowanej nieruchomości wraz z dokumentacją projektową i pozwoleniami, bez transferu elementów organizacyjnych, finansowych i kontraktowych umożliwiających samodzielne prowadzenie działalności, nie stanowi zbycia przedsiębiorstwa ani zorganizowanej części przedsiębiorstwa. Dostawa jest objęta VAT, korzysta jednak ze zwolnienia z art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT, z którego strony mogą zrezygnować

Wartość początkowa licencji na oprogramowanie nabywanego w ramach opłat cyklicznych nie obejmuje VAT naliczonego, o ile prawo do jego odliczenia nie jest ustalone w momencie przyjęcia licencji do ewidencji. VAT rozliczany według późniejszego ustalenia odliczenia stanowi koszty uzyskania przychodów w okresie wpływu faktury, a amortyzacja oprogramowania nie obejmuje opłat cyklicznych.

Opłaty za licencje na oprogramowanie komputerowe, rozliczane cyklicznie i odrębnie fakturowane, nie stanowią wartości niematerialnych i prawnych. VAT odliczany jest na bieżąco w czasie faktycznego otrzymania faktur, a nie z góry w momencie nabycia lub przyjęcia licencji do używania.

Spółka, rozliczając ulgę badawczo-rozwojową, jest uprawniona do odliczania kosztów kwalifikowanych w trakcie zaliczenia ich jako kosztów uzyskania przychodów poprzez odpisy amortyzacyjne, z uwzględnieniem limitów z art. 18d ustawy CIT, tj. 100% dla odpisów od kosztów prac zakończonych pozytywnie i 200% dla kosztów pracowniczych podlegających amortyzacji.

Umowa odpłatnego oddania do użytku zorganizowanej części przedsiębiorstwa może nie stanowić podstawy do wyłączenia uzyskanej w efekcie wartości firmy (goodwill) z przychodu, gdyż wynika ona z realizacji umowy leasingu, w której goodwill pojawia się ex post jako efekt transakcji.

Przychód z jednorazowej sprzedaży oprogramowania wytworzonego we własnym zakresie nie podlega opodatkowaniu zryczałtowanym podatkiem dochodowym według stawki 10%, lecz według stawki właściwej dla działalności programistycznej, tj. 12%, jako że nie spełnia on definicji wartości niematerialnych i prawnych nabytych.

Dopuszczalne jest bieżące korygowanie wartości początkowej WNiP oraz odpisów amortyzacyjnych o premie, jeżeli ostateczna wysokość premii staje się znana po przekazaniu WNiP do używania, o ile nie wynika to z błędu rachunkowego czy oczywistej omyłki.

Wydatki związane z tworzeniem i rozwijaniem innowacyjnych rozwiązań informatycznych X i Y mogą być kwalifikowane jako koszty działalności badawczo-rozwojowej zgodnie z art. 4a pkt 26 ustawy o CIT, z zastrzeżeniem, że koszty licencji i hostingu w modelu subskrypcyjnym nie spełniają kryteriów dla uznania ich za koszty kwalifikowane ulgi B+R.

W świetle art. 18d ustawy o CIT, działalność polegająca na tworzeniu oprogramowania, będąca działalnością twórczą i systematyczną, może być uznana za badawczo-rozwojową, z możliwością odliczenia odpowiednich kosztów osobowych jako kosztów kwalifikowanych; jednakże wydatki na licencje czy usługi zewnętrzne, niebędące WNiP, nie stanowią kosztów kwalifikowanych.

Spółka będąca następcą prawnym przekształconego zakładu budżetowego ma prawo zaliczać do kosztów uzyskania przychodów odpisy amortyzacyjne od środków trwałych wniesionych na pokrycie kapitału, niezależnie od ich wcześniejszej amortyzacji w zakładzie.

Działalność spółki jawnej spełnia kryteria działalności badawczo-rozwojowej zgodnie z art. 5a ustawy o PIT, co uprawnia wspólnika do skorzystania z ulgi badawczo-rozwojowej oraz odliczenia amortyzacji w zakresie kosztów kwalifikowanych.

Działalność badawczo-rozwojowa prowadzona przez wspólnika spółki jawnej, spełniająca definicje twórczej działalności systematycznej, kwalifikuje się do ulgi B+R. Kwalifikowane odpisy amortyzacyjne mogą być odliczane proporcjonalnie do udziału kosztów kwalifikowanych w wartości początkowej prac rozwojowych.

Koszty zakupu oprogramowania narzędziowego, bieżących opłat licencyjnych oraz utrzymania infrastruktury informatycznej, które nie stanowią wartości niematerialnych i prawnych, nie mogą być zaliczone do kosztów kwalifikowanych dla ulgi badawczo-rozwojowej zgodnie z art. 26e ust. 2 ustawy o PIT.

Transakcja sprzedaży nieruchomości oraz praw niematerialnych przez spółkę nie stanowi zbycia przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części i podlega opodatkowaniu podatkiem VAT; sprzedaż budynku z gruntem korzysta ze zwolnienia z VAT po upływie dwóch lat od pierwszego zasiedlenia, zaś sprzedaż pozostałych składników podlega VAT bez zwolnienia.

Działalność badawczo-rozwojowa spółki X Sp. z o.o., spełniająca kryteria twórczości i systematyczności, kwalifikuje się jako działalność B+R zgodnie z art. 4a Ustawy CIT, uprawniając do ulgi badawczo-rozwojowej, z zastrzeżeniem, że tylko niektóre koszty mogą być uznane za kwalifikowane.

Spółka, działając jako płatnik, jest uprawniona do stosowania zwolnienia lub preferencyjnej stawki podatku u źródła, nawet jeśli certyfikat rezydencji zostanie uzyskany po płatności, pod warunkiem że jego ważność obejmuje datę płatności, zgodnie z umowami o unikaniu podwójnego opodatkowania.

Majątkowe prawa do Dokumentacji projektowej Farmy Wiatrowej oraz Prawa do Projektu, jako nabyte wartości niematerialne i prawne, mogą być amortyzowane poprzez odpisy amortyzacyjne w okresie nie krótszym niż 60 miesięcy, zgodnie z art. 16b i 16m ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.

Wydatki na prace wdrożeniowe oraz wynagrodzenia zespołu projektowego zwiększają wartość niematerialną i prawną, zgodnie z art. 16g ust. 3 ustawy o CIT. Każda nowa licencja oprogramowania musi być odrębnie rozpoznana jako wartość niematerialna i prawna według art. 16b ust. 1 pkt 5 ustawy CIT.