Rekompensata otrzymywana przez spółkę z tytułu wykonywania zadań własnych Gminy, pomimo przekazywana na podwyższenie kapitału zakładowego, stanowi zapłatę za odpłatne świadczenie usług podlegających opodatkowaniu podatkiem VAT; jest elementem podstawy opodatkowania, którą należy udokumentować fakturą VAT.

Zwolnienie z obowiązku sporządzania dokumentacji cen transferowych, przewidziane w art. 11n pkt 5 ustawy o CIT, nie ma zastosowania, jeżeli pomiędzy spółką a jej jedynym udziałowcem, jednostką samorządu terytorialnego, istnieją nie tylko powiązania kapitałowe, ale także powiązania osobowe związane z obecnością przedstawicieli gminy w organach spółki.

Osoba pełniąca funkcję Prezesa Zarządu spółki komunalnej, wykonująca usługi zarządzania na podstawie umowy cywilnoprawnej przy wykorzystaniu zasobów tej spółki, z wynagrodzeniem stałym i z odpowiedzialnością spoczywającą na spółce, nie występuje jako podatnik VAT w rozumieniu art. 15 ustawy o VAT.

Sprzedaż towarów i usług dokonywaną przez gminę na rzecz jej samorządowych instytucji kultury oraz spółek, w których posiada co najmniej 25% udziałów, należy uznać za transakcje między podmiotami powiązanymi, co obliguje do oznaczania ich symbolem "TP" w pliku JPK_V7M, zgodnie z art. 32 ust. 2 pkt 1 ustawy o VAT.

Wniesienie aportu nieruchomości gruntowych przez gminę do spółki komunalnej w zamian za udziały nosi znamiona działalności gospodarczej i stanowi odpłatną dostawę towarów, podlegającą opodatkowaniu podatkiem VAT zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 1 w związku z art. 15 ust. 1 ustawy o VAT. Gmina, wykonując tę czynność, działa jako podatnik VAT, a nie jako organ władzy publicznej.