Pożyczka udzielona w czasie obowiązywania estońskiego CIT, choć finansowana z wcześniejszych zysków, stanowi ukryty zysk dla celów opodatkowania ryczałtem. Natomiast zwrot kapitału pożyczki i zapłaconych odsetek nie generują takiego dochodu.

Podatnik świadczący usługi dla podmiotów powiązanych może korzystać z ryczałtu od dochodów spółek, jeżeli wykonywane transakcje wytwarzają istotną wartość dodaną ekonomicznie, nawet gdy ponad 50% przychodów pochodzi z tych transakcji. Brak znikomych wartości dodanych wyklucza ograniczenia z art. 28j ust. 1 pkt 2 lit. g ustawy o CIT.

W przypadku połączenia dwóch spółek opodatkowanych Estońskim CIT, Spółka Przejmująca nie traci prawa do kontynuacji opodatkowania tą formą, a po jej stronie nie powstaje dochód z tytułu zmiany wartości składników majątku, jeśli wartości księgowe składników nie ulegają zmianie. (art. 28l i 28m ustawy CIT)

Transakcje realizowane przez podatnika podlegającego estońskiemu CIT z podmiotami powiązanymi, zawierane na warunkach rynkowych oraz posiadające charakter biznesowy, nie stanowią ukrytych zysków ani wydatków niezwiązanych z działalnością gospodarczą, zaś wpłaty na PFRON nie są objęte zakresem estońskiego CIT jako ukryte zyski.

Obowiązek sporządzenia lokalnej dokumentacji cen transferowych dla transakcji kontrolowanej, w której powiązania wynikają wyłącznie z powiązań ze Skarbem Państwa lub jednostkami samorządu terytorialnego, podlega wyłączeniu zgodnie z art. 11n pkt 5 ustawy o CIT.

Transakcja pożyczki udzielonej przez podatnika jednostce powiązanej stanowi dochód z ukrytych zysków w rozumieniu art. 28m ust. 3 pkt 1 ustawy o CIT, który podlega opodatkowaniu CIT estońskim. Powiązania osobowe i kapitałowe, a także relacje rodzinne, determinują uznanie spółek za jednostki powiązane.

Jeżeli jedna z powiązanych spółek poniosła stratę podatkową w źródle przychodów, do którego zalicza się daną transakcję kontrolowaną, obowiązek sporządzenia dokumentacji cen transferowych dotyczy wyłącznie transakcji z tym podmiotem. Zwolnienia wynikające z art. 11n pkt 1 ustawy o CIT nie obejmują tych transakcji.

Transakcje między podmiotami powiązanymi uczestniczącymi w konsorcjum do przetargu nieograniczonego nie są zwolnione z obowiązku dokumentacji cen transferowych, mimo ustalenia ceny w trybie przetargu publicznego. Wartość przekraczająca 2 mln zł rocznie wymaga dokumentacji zgodnie z art. 11k ustawy o CIT.

Czynsz dzierżawny za użytkowanie znaku towarowego oraz czynsz za najem nieruchomości wypłacane przez spółkę na rzecz wspólnika nie stanowią ukrytego zysku, jeśli są ustalone na poziomie rynkowym i uzasadnione biznesowo, zatem nie podlegają opodatkowaniu estońskim ryczałtem CIT (art. 28m ust. 3 ustawy o CIT).

Korekty cen transferowych (korekty dochodowości) realizowane między spółką a podmiotami zależnymi, mające na celu wyrównanie poziomu dochodowości do warunków rynkowych, nie podlegają opodatkowaniu VAT, gdyż nie stanowią odrębnej usługi ani nie odnoszą się do indywidualnych transakcji, lecz ogólnej działalności gospodarczej.

Spółka z o.o., powstała z przekształcenia spółki cywilnej, nie jest podatnikiem rozpoczynającym działalność i nie może korzystać z preferencyjnej stawki CIT 10%. Dzierżawa i świadczenie usług na rzecz spółki przez wspólnika na warunkach rynkowych nie stanowią ukrytego zysku.

Korekty cen transferowych dokonane przez podatnika po zakończeniu roku podatkowego, w efekcie weryfikacji pierwotnie ustalonej ceny w transakcjach kontrolowanych, stanowią korekty cen transferowych w rozumieniu art. 11e ustawy o CIT, o ile spełnione są określone w nim warunki obejmujące zgłoszenie tej zmiany i potwierdzenie ich zgodności z warunkami rynkowymi.

Podmiot, w którym Skarb Państwa posiada pośrednio co najmniej 25% udziałów, jest zwolniony z obowiązku sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych, z art. 11n pkt 5 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, nawet gdy powiązanie jest pośrednie.

Usługi wsparcia sprzedaży nabywane od podmiotów powiązanych od 1 stycznia 2019 r. podlegają limitowaniu w zaliczaniu do kosztów uzyskania przychodów na mocy art. 15e ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych jako usługi podobne do doradczych. Ograniczenia nie obejmują kosztów uwzględnianych w działaniach strefowych wolnych od podatku.

Koszty dzierżawy nieruchomości od podmiotu powiązanego, spełniające wymogi kwalifikowalności określone w rozporządzeniu o wsparciu nowych inwestycji, mogą być uznane za koszty kwalifikowane do objęcia pomocą publiczną, w ramach zwolnienia podatkowego na podstawie decyzji o wsparciu.

Wydatki poniesione na organizację jubileuszowego wydarzenia pracowniczego mogą być uznane za koszty uzyskania przychodów w proporcji odnoszącej się do uczestnictwa pracowników względem ogólnej liczby uczestników, pod warunkiem wyłączenia wydatków na alkohol, zgodnie z art. 15 ust. 1 ustawy o CIT.

Przy korektach cen transferowych wynikających z transakcji kontrolowanych, zmiany należy przypisywać do okresu, dla którego te transakcje były pierwotnie rozliczane. Korekta in minus wymaga posiadania oświadczenia od podmiotu powiązanego o równoważnej korekcie, co uniemożliwia jednostronne jej przeprowadzenie.

Wynagrodzenie dla komandytariusza pełniącego funkcję prokurenta samoistnego w spółce komandytowej stanowi ukryty zysk w rozumieniu art. 28m ust. 3 ustawy o CIT, gdyż jest to świadczenie związane z prawem do udziału w zysku, podlegające opodatkowaniu ryczałtem.

Czynsz najmu płacony przez spółkę na rzecz podmiotu powiązanego, ustalony na warunkach rynkowych i niezbędny dla podstawowej działalności gospodarczej, nie stanowi dochodu z tytułu ukrytych zysków podlegających opodatkowaniu ryczałtem zgodnie z art. 28m ust. 1 pkt 2 ustawy o CIT.

Koszty związane z nabywaniem Usług HR przez spółkę komandytową, po uzyskaniu przez nią statusu podatnika CIT, nie podlegają wyłączeniom określonym w art. 15e ust. 1 ustawy o CIT, gdyż nie mieszczą się w katalogu usług zarządzania, kontroli, czy pokrewnych, mając charakter wykonawczy, a nie nadzorczy.

Usługi finansowe nabywane przez spółkę komandytową po uzyskaniu statusu podatnika CIT nie kwalifikują się jako usługi wymienione w art. 15e ust. 1 ustawy CIT, zatem nie podlegają ograniczeniom w zaliczaniu do kosztów uzyskania przychodów.

Koszty poniesione na wynagrodzenia programistów świadczących usługi w modelu B2B mogą zostać zakwalifikowane do odpowiednich kategorii wskaźnika nexus, przy uwzględnieniu relacji między podmiotami - do lit. b dla podmiotów niepowiązanych oraz do lit. c dla podmiotów powiązanych, w celu uzyskania preferencyjnego opodatkowania dochodów z kwalifikowanego IP.

Wynagrodzenie wypłacane wspólnikom Spółki z tytułu dzierżawy nieruchomości oraz nakładów na jej przystosowanie do działalności gospodarczej nie stanowi ukrytego zysku na podstawie art. 28m ust. 3 ustawy o CIT, gdyż transakcje te realizowane są na warunkach rynkowych i uzasadnionych gospodarczo.