Wniesienie aportem infrastruktury w postaci PSZOK wraz z gruntem do Gminnej Spółki Komunalnej nie stanowi zbycia przedsiębiorstwa ani zorganizowanej części przedsiębiorstwa, wobec czego podlega opodatkowaniu VAT. Gmina jako czynny podatnik VAT ma prawo do pełnego odliczenia VAT naliczonego przy wydatkach poniesionych na budowę tej infrastruktury jako niewykorzystanych do działalności zwolnionej z VAT
Udział gminy w przychodach z ponownego zagospodarowania odpadów komunalnych stanowi odpłatne świadczenie usług podlegające opodatkowaniu VAT. Gminie nie przysługuje prawo do odliczenia VAT od wydatków na system gospodarowania odpadami, gdyż wydatki te nie mogą być jednoznacznie związane z działalnością opodatkowaną.
Przeniesienie kosztów badań UDT powinno być udokumentowane fakturą VAT. Przeniesienie opłat za zajęcie pasa drogowego musi być również dokumentowane fakturą. Koszty związane z opłatami administracyjnymi, znaczkami pocztowymi, gospodarowaniem odpadami i polisami ubezpieczonymi można przenosić notą księgową jako niepodlegające VAT. Zwolnienie z VAT zarządzania nieruchomościami jest możliwe wyłącznie
Gmina, realizująca zadania publiczne w sferze publicznoprawnej, nie ma prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony z wydatków niezwiązanych z działalnością opodatkowaną VAT.
Gmina nie ma prawa do odliczenia VAT naliczonego związanego z usunięciem nielegalnie zgromadzonych odpadów, gdyż działa jako organ władzy publicznej w realizacji zadań własnych, które nie są opodatkowane.
Wydatki na kary umowne związane z bieżącą działalnością gospodarczą, mimo sankcyjnego charakteru, mogą nie być uznane za wydatki niezwiązane z działalnością gospodarczą, o ile wykazują związek z prowadzoną działalnością. Kary pieniężne nakładane w trybie administracyjnym, wskazujące na zaniedbania, mogą być traktowane jako wydatki niezwiązane z działalnością gospodarczą i podlegają opodatkowaniu ryczałtem
Nieodpłatne przekazanie środka otrzymywanego z osadów ściekowych rolnikom przez gminę podlega opodatkowaniu VAT, jednak brak wartości środka dla gminy skutkuje brakiem obowiązku zapłaty podatku.
W przypadku usług odbioru odpadów komunalnych przychód podatkowy w rozumieniu ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych powstaje zgodnie z art. 12 ust. 3c ustawy CIT, tj. w ostatni dzień przyjętego okresu rozliczeniowego, bez względu na moment wystawienia faktury.
Gmina realizując zadania własne związane z usuwaniem odpadów niebezpiecznych w trybie publicznoprawnym, nie działa jako podatnik VAT, tym samym nie ma prawa do odliczenia podatku naliczonego od wydatków na te działania.
Kary umowne naliczane Spółce za niezgodność parametrów paliwa zastępczego z umownymi, są zaliczane do kosztów uzyskania przychodów, gdyż nie wynikają z wad dostarczonych towarów, lecz z działalności zagospodarowania odpadów, i mają związek przyczynowy z generowaniem przychodów (art. 15 ust. 1 ustawy o CIT).
Jednostki samorządu terytorialnego, realizując zadania wynikające z prawa publicznego, nie nabywają prawa do odliczenia VAT naliczonego na podstawie faktur dokumentujących wydatki związane z działaniami nieobjętymi VAT, jako że nie działają w charakterze podatnika VAT.
Gmina realizująca zadania ze sfery zadań publicznych, wykorzystująca infrastrukturę wyłącznie do czynności niepodlegających opodatkowaniu VAT, nie ma prawa do odliczenia podatku naliczonego ani jego zwrotu. Takie podmioty są wyłączone spod działania przepisów o podatnikach VAT według art. 15 ust. 6 ustawy o VAT.
Miasto jest uprawnione do częściowego odliczenia VAT naliczonego z tytułu wydatków związanych z budową Punktu Selektywnej Zbiórki Odpadów, w zakresie w jakim działalność dotyczy opodatkowanego świadczenia usług na rzecz innej gminy, zgodnie z art. 86 ust. 2a-2h ustawy o VAT.
Realizacja zadań przez Gminę w ramach zadań publicznych, takich jak usuwanie niebezpiecznych odpadów, nie podlega opodatkowaniu VAT. Otrzymane dofinansowanie nie zwiększa podstawy opodatkowania, a Gmina nie ma prawa do odliczenia podatku naliczonego, gdyż działania nie stanowią działalności gospodarczej w rozumieniu ustawy o VAT.
Opłaty za gospodarowanie odpadami komunalnymi pobierane przez Spółdzielnię od użytkowników lokali należy traktować jako element usługi kompleksowej związanej z najmem i powinny one być opodatkowane VAT według stawki właściwej dla usługi głównej.
Przychody ze sprzedaży wysłodków prasowanych buraka cukrowego są kwalifikowane jako przychody z działalności rolniczej na mocy art. 2 ust. 2 ustawy o CIT, co wyłącza je z opodatkowania zgodnie z art. 2 ust. 1 pkt 1 ustawy o CIT z uwagi na brak przetworzenia oraz ich pochodzenie z własnej uprawy.
Gmina, przy realizacji inwestycji budowy PSZOK, nie posiada prawa do obniżenia podatku VAT należnego o podatek naliczony, gdyż zakupione usługi i towary nie są wykorzystywane do czynności opodatkowanych, co wyklucza spełnienie przesłanki odliczenia podatku VAT.
Gmina nie ma prawa do pełnego odliczenia podatku VAT związanego z przyjęciem, zagospodarowaniem i transportem odpadów, gdyż są to czynności częściowo wykonywane w ramach zadań publicznoprawnych, a VAT można odliczyć tylko w zakresie związanym z działalnością opodatkowaną.
Gmina, realizując inwestycje w punkty selektywnego zbierania odpadów komunalnych, nie ma prawa do odliczenia podatku naliczonego z faktur zakupu, gdyż wydatki te nie są związane z czynnościami opodatkowanymi podatkiem od towarów i usług (art. 86 ust. 1 ustawy o VAT).
Wniesienie przez Gminę infrastruktury aportem do spółki komunalnej, jako odpłatna dostawa towarów, podlega opodatkowaniu podatkiem VAT i uprawnia do pełnego odliczenia podatku naliczonego związanego z budową tej infrastruktury, gdyż nie ma zastosowania zwolnienie z art. 43 ust. 1 pkt 10 i 10a Ustawy o VAT.
Koszty materiału złomowanego, związane z przychodami z odpadu produkcyjnego, powinny być przypisane do działalności pozastrefowej, co implikuje konieczność korekty zeznań CIT-8. Zwolnieniem podatkowym objęte są tylko dochody z działalności określonej w zezwoleniu SSE.
Kary umowne związane z działalnością gospodarczą w gospodarce odpadami, wynikające z ryzyka typowego dla branży, nie są wydatkami niezwiązanymi z działalnością gospodarczą i nie podlegają ryczałtowi. Natomiast kary pieniężne nałożone w trybie administracyjnym mają charakter sankcyjny i stanowią wydatki niezwiązane z tą działalnością, podlegając opodatkowaniu ryczałtem.