Prawidłowe wydzielenie działalności uprzywilejowanej na terenie strefy umocowanej w decyzji o wsparciu oraz stosowanie zasad cen transferowych dla wewnętrznych transakcji, stanowi warunek dla korzystania z ulg podatkowych, przy jednoczesnym wykluczeniu kosztów ponoszonych wspólnie dla działalności zwolnionych i opodatkowanych zgodnie z kluczem przychodowym.

Jeżeli zwolnienie z CIT na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT jest skuteczne dopiero od momentu zakończenia inwestycji, to do tego terminu wszystkie przychody i koszty związane z inwestycją podlegają opodatkowaniu na zasadach ogólnych, a ewentualne straty mogą być rozliczane podatkowo.

Odszkodowanie z tytułu przymusowego wywłaszczenia nieruchomości na rzecz Skarbu Państwa nie korzysta ze zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych, zgodnie z art. 2 ust. 1 pkt 1 ani art. 17 ust. 1 pkt 1 ustawy o CIT, gdyż nie jest to przychód z działalności rolniczej ani dochód z tytułu sprzedaży nieruchomości.

Przeniesienie z nakazu organu władzy publicznej prawa własności nieruchomości zabudowanej w zamian za odszkodowanie stanowi czynność zwolnioną od podatku VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 oraz art. 29a ust. 8 ustawy o podatku od towarów i usług, jeżeli od pierwszego zasiedlenia upłynęło ponad 2 lata, a nieruchomość nie była ulepszana w stopniu określonym w art. 2 pkt 14 ustawy.

Dochód z działalności prowadzonej na podstawie decyzji o wsparciu, realizowanej w ramach zdalnej i hybrydowej pracy pracowników, podlega zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych na mocy art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, o ile spełnia pozostałe warunki związane z decyzją o wsparciu.

Koszty działań organizacyjnych, finansowych i korporacyjnych, obejmujące m.in. doradztwo ogólne oraz inne koszty operacyjne projektów infrastrukturalnych, nie mogą być uznane za koszty prac rozwojowych na podstawie art. 15 ust. 4a ustawy o CIT, jeżeli nie polegają one bezpośrednio na tworzeniu nowych produktów, procesów lub usług.

Z uwagi na brak możliwości precyzyjnego określenia wartości dostępnego zwolnienia podatkowego przed udzieleniem pomocy publicznej, podatnik nie jest zobowiązany do kalkulacji i wpłaty zaliczek na CIT za dochody z działalności objętej wsparciem w specjalnej strefie ekonomicznej.

Zgodnie z przepisami ustawy o CIT, dochody z działalności realizowanej na terenie wskazanym w decyzji o wsparciu mogą być objęte zwolnieniem podatkowym, przy spełnieniu warunków decyzji, nawet przy przeniesieniu inwestycji między lokalizacjami wskazanymi w różnych decyzjach o wsparciu.

W przypadku realizacji co najmniej dwóch nowych inwestycji, które pozostają w ścisłych organizacyjnych, technicznych i funkcjonalnych powiązaniach na tym samym terenie, zwolnieniu z opodatkowania CIT podlega cały dochód uzyskany łącznie z tych inwestycji, zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT.

Zmiana statusu przedsiębiorcy korzystającego z pomocy publicznej dla realizacji inwestycji nie wpływa na intensywność pomocy ustaloną na dzień wydania decyzji o wsparciu, ani na wysokość przysługującego zwolnienia w podatku dochodowym.

Koszty operacyjne oraz odpisy amortyzacyjne, poniesione przed i po uzyskaniu przychodów z inwestycji lecz przed jej zakończeniem, winny być przypisane do wyniku opodatkowanego, zgodnie z art. 7 i 15 ustawy o CIT, zanim podatnik uzyska prawo do zwolnienia dochodów.

Podatnikowi, który dokonał importu towarów i zapłacił podatek wynikający z decyzji

Moment utraty prawa do zwolnienia podatkowego wynikającego z decyzji o wsparciu i zezwolenia w SSE następuje z dniem złożenia przez przedsiębiorcę wniosku o stwierdzenie ich wygaśnięcia.

Wydatki inwestycyjne nieujęte uprzednio w dokumentacji PSI mogą być uznane za kwalifikowane do objęcia pomocą publiczną w formie zwolnienia z CIT, o ile spełniają warunki związane z realizacją nowej inwestycji określonej przez art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT i Rozporządzenie WNI.

Zmiana statusu przedsiębiorcy po uzyskaniu zezwolenia strefowego lub decyzji o wsparciu nie wpływa na maksymalną intensywność regionalnej pomocy publicznej ani na kwotę zwolnienia podatkowego w CIT. Status przedsiębiorcy ustalany jest na dzień wydania decyzji, co zapewnia stabilność i przewidywalność prawną.

Dochód z działalności gospodarczej prowadzonej w części przy udziale podwykonawców poza obszarem objętym decyzją o wsparciu podlega zwolnieniu z podatku dochodowego, pod warunkiem, że usługi te mają charakter pomocniczy i funkcjonalnie związane są z procesami realizowanymi na obszarze wskazanym w decyzji.

Koszty nowej inwestycji, uzasadnione przed wydaniem decyzji o wsparciu i związane bezpośrednio z realizacją nowej inwestycji, mogą być uznane za kwalifikowane i wolne od opodatkowania dochodowego, pod warunkiem, że dochody wynikają z działalności objętej decyzją o wsparciu. Zwolnienie dotyczy adekwatnych dochodów uzyskanych po poniesieniu takich kosztów.

Dochód uzyskany przez podatnika z działalności gospodarczej realizowanej przy użyciu podwykonawców na terenie określonym w decyzji o wsparciu, gdzie zasadnicza część produkcji jest dokonywana przez podwykonawców, nie spełnia warunków do pełnego zwolnienia z opodatkowania CIT na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a.

Nie jest możliwe uznanie wydatków na maszyny do produkcji nowych komponentów za koszty kwalifikowane nowej inwestycji definiowanej jako zwiększenie zdolności produkcyjnej istniejącego zakładu; stąd dochód z ich sprzedaży nie może korzystać ze zwolnienia podatkowego na podstawie decyzji o wsparciu.

Podatnik, którego przychody w danym roku podatkowym były o co najmniej 30% niższe niż w roku poprzednim, nie jest zobowiązany do zapłaty minimalnego podatku dochodowego zgodnie z art. 24ca ust. 14 pkt 3 Ustawy CIT, niezależnie od charakteru (opodatkowane/zolnione) tych przychodów w roku poprzednim.

Wydatki na nabycie nieużywanego towaru handlowego od podmiotu powiązanego, który nie został wprowadzony do ewidencji środków trwałych i spełnia kryteria nowości, stanowią koszty kwalifikowane nowej inwestycji, umożliwiając przedsiębiorcy zwolnienie z opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, pod warunkiem nabycia tych aktywów na warunkach rynkowych.

Wykonanie przez podwykonawców całego procesu produkcyjnego wyklucza możliwość przypisania wyrobom zwolnienia podatkowego wynikającego z art. 21 ust. 1 pkt 63b ustawy PIT; zwolnienie przysługuje jedynie dochodom uzyskanym z bezpośredniej działalności podatnika na terenie określonym decyzją o wsparciu.

Jeżeli podatnik prowadzi ewidencję rachunkową umożliwiającą precyzyjne określenie dochodu z działalności objętej uchyloną decyzją o wsparciu oraz kwoty niezapłaconego podatku, może zastosować art. 17 ust. 6 pkt 1 lit. b Ustawy CIT przy rozliczeniu podatkowym, niezależnie od posiadania więcej niż jednej decyzji o wsparciu.

Korekty cen transferowych dotyczące działalności produkcyjnej objętej zakresem decyzji o wsparciu, powinny być rozpoznane w okresie, którego dotyczą, i przypisane do działalności zwolnionej z opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT.