Planowana reorganizacja nie stanowi zbycia przedsiębiorstwa ani zorganizowanej części przedsiębiorstwa, co skutkuje opodatkowaniem przenoszonych składników majątkowych podatkiem VAT w ramach wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów lub importu usług. Opodatkowanie oparte jest na wartości emisyjnej udziałów wydanych w zamian za wkład niepieniężny.
Objęcie udziałów w spółce przejmującej przez wspólników spółki przejmowanej w drodze przejęcia będzie neutralne podatkowo na gruncie ustawy o PIT; przychód nie powstanie na moment połączenia, pod warunkiem spełnienia szczególnych warunków określonych w art. 24 ustawy.
W ocenie Wnioskodawcy, przez „wartość emisyjną” udziałów, o której mowa w art. 12 ust. 1 pkt 8d updop przydzielonych udziałowcom spółek łączonych (Wspólnikowi) w ramach Połączenia należy rozumieć wartość będącą sumą wartości nominalnej udziałów wydawanych w ramach Połączenia przez Spółkę Przejmującą oraz kwoty nadwyżki ujmowanej jako kapitał zapasowy (agio) Spółki Przejmującej wskutek Połączenia.