Podatnik wybierający opodatkowanie ryczałtem jest zobowiązany do ujęcia w korekcie wstępnej odsetek naliczonych, lecz nieotrzymanych. Różnice w wycenie nieruchomości w wartości godziwej nie są uwzględniane w korekcie podatkowej. Zobowiązanie podatkowe nie powstaje, jeśli ryczałt stosowany jest przez co najmniej cztery lata.

Rozliczenia instrumentów pochodnych, jak kontrakty terminowe, stanowią dla celów podatkowych przychód pasywny, zgodnie z art. 28j ust. 1 pkt 2 lit. f ustawy o CIT, co ma wpływ na możliwość opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek.

Małżonka wspólnika, mimo objęcia udziałów wspólnością majątkową małżeńską, nie uzyskuje statusu wspólnika i może być uwzględniona w limicie zatrudnienia art. 28j ust. 1 pkt 3 ustawy CIT dla opodatkowania Estońskim CIT.

Udzielenie pożyczki przed wyborem CIT estońskiego i następne wykreślenie dłużnika z rejestru przedsiębiorców bez odzyskania wierzytelności nie powoduje powstania dochodu podlegającego opodatkowaniu ryczałtem, gdyż brak jest elementu przysporzenia majątkowego z pozycji art. 28m ust. 1 ustawy o CIT. Nie powstaje dochód z tytułu ukrytych zysków ani wydatków niezwiązanych z działalnością gospodarczą.

Utworzenie rezerwy na świadczenia pracownicze zgodnie z przyjętym progiem istotności w polityce rachunkowości i jej ujęcie jako strata z lat ubiegłych nie generuje dochodu z tytułu nieujawnionych operacji gospodarczych, a zatem nie podlega opodatkowaniu ryczałtem.

Wpisanie zmiany w KRS odnośnie składu wspólników spółki komandytowej ma charakter deklaratoryjny i nie wpływa na możliwość korzystania z ryczałtu od dochodów spółek, jeśli umowa zbycia praw wspólnika była skuteczna przed rozpoczęciem stosowania ryczałtu.

Utworzenie Oddziału zagranicznego w Hiszpanii, który prowadzi działalność o charakterze przygotowawczym i pomocniczym, nie powoduje powstania zakładu podatkowego w rozumieniu Umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania. Nie wpływa to na możliwość dalszego opodatkowania Spółki w Polsce w reżimie estońskiego CIT.

Wypłata wartości nominalnej umorzonych udziałów wspólnikom spółki opodatkowanej estońskim CIT stanowi dochód z ukrytych zysków, podlegający opodatkowaniu na zasadach określonych w art. 28m ust. 3 pkt 5 ustawy o CIT, niezależnie od formy finansowania tej wypłaty.

Brak faktycznej zapłaty lub kapitalizacji naliczonych odsetek od pożyczek udzielonych przez komplementariusza oraz umorzenie tych odsetek przez komplementariusza nie skutkuje po stronie spółki powstaniem dochodu z tytułu ukrytych zysków na gruncie art. 28m ustawy o CIT.

Nieujawnienie kosztów lub przychodów w okresie, w którym miały być zarachowane zgodnie z przepisami rachunkowości, powoduje obowiązek zapłaty ryczałtu od dochodu z tytułu nieujawnionych operacji gospodarczych.

Odsetki od lokat i rachunków bankowych nie stanowią przychodów z odsetek od pożyczek w rozumieniu art. 28j ust. 1 pkt 2 ustawy o CIT, tym samym nie są uwzględniane w limicie przychodów pasywnych dla estońskiego CIT.

Wystawienie faktury korekty przychodu dotyczącej sprzedaży z poprzedniego roku obrotowego, wynikającej z zaakceptowanej reklamacji, w bieżącym roku obrotowym, nie powoduje powstania dochodu z tytułu nieujawnionych operacji gospodarczych (art. 28m ust. 1 pkt 6 ustawy o CIT).

Wynagrodzenie z tytułu umorzenia udziałów stanowi ukryty zysk i podlega opodatkowaniu ryczałtem, bez względu na okres, z którego pochodzą wypracowane zyski finansujące wypłatę. Obowiązek podatkowy z tego tytułu powstaje w momencie faktycznej wypłaty świadczenia na rzecz wspólnika.

Planowane obniżenie wkładów wspólników w spółce komandytowej stanowi ukryty zysk podlegający opodatkowaniu ryczałtem dochodowym od osób prawnych na podstawie art. 28m ust. 3 pkt 5 ustawy o CIT, jako świadczenie związane z prawem do udziału w zysku.

Wypłata z kapitału zapasowego wartości zysku wypracowanego przed przekształceniem działalności gospodarczej w formę spółki, jako przychód z tytułu udziału w zyskach osób prawnych, podlega opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych oraz obciążeniu zryczałtowanym podatkiem dochodowym dla płatnika (spółki).

Składki ubezpieczeniowe z tytułu Polisy OC stanowią wydatki niezwiązane z działalnością gospodarczą i podlegają Estońskiemu CIT. Natomiast kary umowne wynikające z wad towarów/usług związane są z działalnością gospodarczą i nie podlegają opodatkowaniu Estońskim CIT, w przeciwieństwie do kar za nietrzeźwość pracowników, które są związane z dyscypliną pracowniczą.

Wynajem części nieruchomości wspólnikom przez spółkę komandytową, przy ustaleniu czynszu na warunkach rynkowych oraz przy zaistnieniu faktycznych potrzeb biznesowych, nie stanowi ukrytego zysku w rozumieniu art. 28m ust. 1 pkt 2 ustawy o CIT, gdyż nie dochodzi do ekonomicznego przysporzenia dla wspólników.

Dla skutecznego wyboru opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek, niezbędnym jest spełnienie wymogu zamknięcia ksiąg rachunkowych i sporządzenia sprawozdania finansowego na dzień poprzedzający objęcie tej formy opodatkowania, niezależnie od braku prowadzonej działalności operacyjnej przed tym dniem.

Podatnik opodatkowany ryczałtem, spełniający wymogi z art. 28j CIT, kontynuuje opodatkowanie na kolejne okresy czteroletnie bez konieczności składania kolejnego ZAW-RD, o ile nie złoży rezygnacji.

Podatnik wybierający opodatkowanie ryczałtem musi sporządzić sprawozdanie finansowe zgodnie z ustawą o rachunkowości, w tym w wymaganej formie elektronicznej z odpowiednimi podpisami elektronicznymi; niespełnienie tego wymogu skutkuje nieskutecznością wyboru opodatkowania ryczałtem.

Pomniejszenie zryczałtowanego podatku od dywidend, o którym mowa w art. 30a ust. 19 ustawy PIT, wymaga formalnego wyodrębnienia dochodów uzyskanych pod estońskim CIT w sprawozdaniu finansowym; brak takiego ujęcia wyklucza możliwość skorzystania z preferencji.

Spółka z o.o. rozpoczyna działalność w dniu zawarcia umowy (powstania spółki w organizacji), a nie dopiero z dniem wpisu do KRS. Dla uzyskania statusu podatnika rozpoczynającego działalność niezbędne jest spełnienie warunków formalnych w tym potwierdzenia zamknięcia ksiąg na koniec poprzedniego okresu podatkowego przed obłożeniem opodatkowaniem ryczałtowym.

Prowizje i odsetki wypłacane wspólnikom Spółki w okresie jej opodatkowania Estońskim CIT stanowią dochód z tytułu ukrytych zysków, podlegający opodatkowaniu ryczałtem, zgodnie z art. 28m ust. 1 pkt 2 ustawy o CIT, niezależnie od warunków rynkowych umów pożyczkowych.

Wydatki na kary umowne związane z bieżącą działalnością gospodarczą, mimo sankcyjnego charakteru, mogą nie być uznane za wydatki niezwiązane z działalnością gospodarczą, o ile wykazują związek z prowadzoną działalnością. Kary pieniężne nakładane w trybie administracyjnym, wskazujące na zaniedbania, mogą być traktowane jako wydatki niezwiązane z działalnością gospodarczą i podlegają opodatkowaniu ryczałtem