Archiwizowanie dokumentów księgowych, w tym faktur, wyłącznie w formie elektronicznej jest dozwolone pod warunkiem zapewnienia autentyczności, integralności i czytelności. Uprawnienie do odliczenia VAT jest ograniczone do elektronicznie przechowywanych faktur, które spełniają wymogi ustawy i nie obejmuje innych dokumentów nieuznawanych za faktury zgodnie z ustawą o VAT.

Przechowywanie dokumentów księgowych w formie elektronicznej, z zachowaniem zasad integralności, autentyczności i czytelności, jest dopuszczalne bez papierowych kopii. Prawo do odliczenia VAT uzależnione jest od spełnienia warunków zarówno przez dokumenty, jak i przez transakcje, których dotyczą.

Prawo do odliczenia VAT naliczonego powstaje z chwilą faktycznego otrzymania faktury, wystawionej poza KSeF, gdy spełnione są materialne przesłanki z art. 86 ustawy o VAT, a późniejsze przesłanie faktury do KSeF nie wpływa na ten moment.

Podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego z faktur zakupowych wystawionych poza Krajowym Systemem e-Faktur, mimo istniejącego obowiązku ich ustrukturyzowanego wystawienia, pod warunkiem, że transakcje są rzeczywiste, związane z działalnością opodatkowaną i nie zachodzą negatywne przesłanki wyłączające to prawo.

Podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego z faktur zakupowych wystawionych z pominięciem KSeF, o ile spełnione zostaną wymagane prawem warunki uprawniające do dokonania odliczenia oraz nie zachodzą przesłanki negatywne wskazane w art. 88 ustawy o VAT.

Oznaczenie faktur w ewidencji JPK VAT wymaga zachowania zgodności z trybem ich wystawienia i źródłem pochodzenia; oznaczenie BFK obowiązuje dla faktur zagranicznych oraz pdf, podczas gdy korekta z ulgi na złe długi zachowuje pierwotne oznaczenie faktury. Rabaty pośrednie wymagają notyfikacji jako DI i WEW.

Podatnicy w przypadku błędów w danych podmiotu trzeciego na fakturze ustrukturyzowanej, które nie wpływają na opodatkowanie ani stronę transakcji (JST), mogą dokonać korekty poprzez fakturę korygującą. Taka korekta jest neutralna podatkowo i nie wymaga uwzględnienia w ewidencjach podatkowych VAT i JPK_V7.

Prawo do odliczenia VAT naliczonego przysługuje z faktur doręczonych poza KSeF, pomimo wymogu użycia KSeF, gdy spełnione są inne warunki określone w ustawie o VAT. Niedopełnienie obowiązku wystawienia faktury w KSeF nie stanowi przesłanki negatywnej wykluczającej prawo do odliczenia podatku naliczonego.

Dane sprzedawcy na fakturze ustrukturyzowanej muszą odzwierciedlać zarówno tożsamość podatnika, jak i aktywność gospodarczą prowadzoną na terenie Polski. Prawidłowo wystawiona faktura może zawierać dane zarówno spółki macierzystej, jak i jej oddziału, o ile umożliwia jednoznaczną identyfikację podatnika oraz spełnia wymogi formalne dotyczące struktury faktury.

GmbH nie posiada w Polsce stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej, co znosi obowiązki dotyczące KSeF; Retrofit stanowi świadczenie kompleksowe, opodatkowane według zasad odwrotnego obciążenia.

Pomimo obowiązku stosowania Krajowego Systemu e-Faktur do wystawiania faktur, nabywca, który otrzymał fakturę poza tym systemem, nadal zachowuje prawo do odliczenia VAT naliczonego, o ile spełnione są inne wymagane warunki, a wystawca faktury, a nie nabywca, jest podmiotem, na którym ciąży ewentualna sankcja za niedochowanie formy faktury ustrukturyzowanej.

W przypadku pomyłki w numerze NIP kontrahenta, podatnik jest zobowiązany do wystawienia faktury korygującej „do zera” i nowej faktury z poprawnym NIP; te dokumenty powinny być ujęte w ewidencji za okres, w którym powstał obowiązek podatkowy dla pierwotnej faktury, uwzględniając ograniczenia KSeF.

Podatnik ma prawo do odliczenia VAT wynikającego z faktur wystawionych poza KSeF, jeżeli faktury spełniają materialne i formalne wymogi ustawy o VAT, bez konieczności korygowania JPK_V7M w przypadku późniejszego wystawienia faktur w KSeF.

Zadatki zatrzymane po odstąpieniu od umowy przedwstępnej nie stanowią zapłaty na poczet dostawy nieruchomości, lecz pełnią funkcję rekompensacyjną, nie będąc wynagrodzeniem za usługi, co wyklucza ich opodatkowanie VAT.

Podatnikowi, mimo otrzymania faktur zakupowych wystawionych bez użycia KSeF, przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego, pod warunkiem spełnienia przesłanek związku z czynnościami opodatkowanymi i faktycznego nabycia towarów/usług, a korekta VAT naliczonego jest ustalana zgodnie z umownym terminem płatności faktur, bez względu na formę ich wystawienia.

Otrzymanie faktury zakupowej poza KSeF, mimo obowiązku wystawienia jej w formie ustrukturyzowanej, nie wyklucza prawa do odliczenia VAT naliczonego pod warunkiem, że faktura spełnia inne wymagania formalne i materialne oraz występuje związek nabycia z czynnościami opodatkowanymi.

Podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego z faktur wystawionych niezgodnie z obowiązkiem KSeF, o ile faktury te dokumentują rzeczywiste zdarzenia gospodarcze, odzwierciedlają transakcje podlegające opodatkowaniu i spełnione są pozostałe przesłanki odliczenia podatku VAT.

Poczynając od 1 lutego 2026 r., obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych w Krajowym Systemie e-Faktur dotyczy zarówno podatników VAT czynnych, jak i zwolnionych, jednakże obowiązek ten powstaje jedynie w przypadku, gdy nabywca wyraża żądanie ich wystawienia zgodnie z art. 106b ust. 3 ustawy o VAT.

Podatnik jest zobowiązany do wystawienia faktury korygującej "do zera" oraz ponownie nowej faktury z prawidłowym NIP, ujmując te dokumenty w okresie, w którym powstała pierwotna obowiązek podatkowy; działanie to nie skutkuje powstaniem zaległości podatkowej.

Jeżeli faktura ustrukturyzowana zawiera błędny numer NIP, konieczne jest wystawienie faktury korygującej do zera oraz nowej faktury z prawidłowym NIP. Rozliczenie powinno nastąpić w okresie obowiązkowego podatkowego faktury pierwotnej.

Warunek „odbioru faktury” finalnego nabywcy węglowego, w rozumieniu art. 31a ust. 3i ustawy akcyzowej, zostaje spełniony z chwilą przydzielenia numeru KSeF fakturze w trybach online i offline, oraz w trybie awaryjnym, o ile nie nastąpi wcześniejsze faktyczne otrzymanie tej faktury poza KSeF przez nabywcę.

Podatnik VAT ma prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur wystawionych i doręczonych poza Krajowym Systemem e-Faktur, pod warunkiem spełnienia pozostałych przesłanek materialnych, nawet gdy faktury te powinny być wystawione w systemie KSeF.

Podatnik ma prawo odliczenia podatku VAT naliczonego z faktur zakupowych wystawionych przez dostawców w formie innej niż ustrukturyzowana (pap. lub elektroniczna), nawet wbrew obowiązkowi użycia KSeF, o ile spełnione są inne warunki uprawniające do odliczenia, zgodnie z art. 86 ust. 1 i przy braku negatywnych przesłanek z art. 88 ustawy VAT.

Podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia VAT naliczonego z faktur wystawionych poza KSeF, pod warunkiem spełnienia materialnych przesłanek odliczenia, a późniejsza strukturalna wysyłka przez KSeF nie wymaga korekty JPK_V7M.