Transakcje nabycia i sprzedaży uprawnień do emisji CO2 stanowią świadczenie usług opodatkowane VAT, które nie korzystają ze zwolnienia na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 41 ustawy o VAT. Momentem powstania obowiązku podatkowego jest ujawnienie uprawnień na rachunku nabywcy.

Przeniesienie uprawnień do emisji CO₂ w ramach transakcji spot podlega naliczeniu VAT, brak przesłanek dla odwrotnego obciążenia. Spółce przysługuje prawo do odliczenia VAT z przeniesienia uprawnień do emisji w transakcji forward z uwagi na związek z działalnością opodatkowaną.

Przychód z tytułu sprzedaży uprawnień do emisji CO₂ w ramach transakcji spot zalicza się do źródeł dochodów innych niż zyski kapitałowe, gdyż uprawnienia do emisji nie spełniają kryteriów pochodnych instrumentów finansowych w rozumieniu ustawy o CIT. Metoda FIFO przy zbywaniu uprawnień jest niedopuszczalna, gdy można precyzyjnie określić zbywane uprawnienia.

Dodatkowe Wynagrodzenie na rzecz sprzedawcy za przesunięcie terminu dostawy uprawnień EUA stanowi element wynagrodzenia za odpłatne świadczenie usług podlegających opodatkowaniu VAT, co uprawnia do odliczenia podatku naliczonego, z uwagi na jego związek z działalnością opodatkowaną.