Spółka posiada prawo odliczenia podatku VAT z faktur wystawionych poza KSeF, jeśli faktury te dokumentują rzeczywiste transakcje związane z czynnościami opodatkowanymi. Prawo do odliczenia powstaje w okresie faktycznego otrzymania takich faktur, niezależnie od późniejszego przesłania tych faktur do KSeF.

Oznaczenie faktur w ewidencji JPK VAT wymaga zachowania zgodności z trybem ich wystawienia i źródłem pochodzenia; oznaczenie BFK obowiązuje dla faktur zagranicznych oraz pdf, podczas gdy korekta z ulgi na złe długi zachowuje pierwotne oznaczenie faktury. Rabaty pośrednie wymagają notyfikacji jako DI i WEW.