Miasto jako beneficjent projektu, zgodnie z art. 86 ust. 2a ustawy o VAT, ma prawo do proporcjonalnego odliczenia podatku naliczonego od wydatków związanych z realizacją inwestycji przy użyciu prewspółczynnika dla każdej jednostki budżetowej objętej Projektem.

Odliczenie w ramach ulgi termomodernizacyjnej przysługuje w zakresie faktycznie poniesionych wydatków na instalację fotowoltaiczną i magazyn energii, niezależnie od braku decyzji odbioru budynku, pod warunkiem wykazania ich w odpowiednim zeznaniu podatkowym.

Czynność dostawy energii elektrycznej wytworzonej przez prosumenta w instalacji fotowoltaicznej podlega opodatkowaniu VAT jako odpłatna dostawa towarów, z obowiązkiem dokumentacji fakturowej, gdzie obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wystawienia faktury lub upływu terminu na jej wystawienie.

Czynsz inicjalny, jako koszt pośredni, winien być rozliczany jednorazowo w momencie jego poniesienia, zgodnie z art. 15 ust. 4e ustawy o CIT, natomiast czynsz dzierżawny stanowi koszt potrącalny na bieżąco jako koszt ogólnego działania zgodnie z art. 15 ust. 4d ustawy o CIT.

Miasto jako prosument energii odnawialnej, będące czynnym podatnikiem VAT, jest uprawnione do proporcjonalnego odliczenia VAT związanego z instalacjami fotowoltaicznymi, o ile wydatki związane z inwestycją pozostają w związku z działalnością gospodarczą, stanowiącego podstawę do obniżenia podatku należnego, jednak bez prawa do odliczenia VAT dla części wydatków niezwiązanych z opodatkowaną działalnością

Magazyn energii, jako element osprzętu ogniwa fotowoltaicznego, kwalifikuje się do odliczenia w ramach ulgi termomodernizacyjnej, jeżeli pozostaje nieodłącznym elementem instalacji termomodernizacyjnej, wspomagając zmniejszenie zużycia energii w budynku mieszkalnym.

Wydatki na konstrukcję wsporczą pod instalację fotowoltaiczną, poniesione z własnych środków i niepokryte z dofinansowania, mogą być odliczone od podstawy podatku w ramach ulgi termomodernizacyjnej, o ile są związane z realizacją przedsięwzięć termomodernizacyjnych właściciela jednorodzinnego budynku mieszkalnego.