Błędne lub niepełne dane jednostki organizacyjnej JST wykazywanej jako podmiot trzeci na fakturze w KSeF winny być skorygowane poprzez fakturę korygującą zmieniającą te dane, bez potrzeby wystawiania faktury do zera, jeśli dane nabywcy są prawidłowe.

Podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia VAT z faktur wystawionych poza KSeF, pod warunkiem, że faktura spełnia wymogi formalne i odzwierciedla rzeczywiste zdarzenie gospodarcze. Prawo to powstaje w okresie faktycznego otrzymania faktury przez odbiorcę.

Podatnik, mimo obowiązku wystawienia faktur ustrukturyzowanych poprzez KSeF, zachowuje prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur zakupowych otrzymanych w innej formie, jeśli dokumentują one rzeczywiste transakcje i spełnione są pozostałe warunki odliczenia, a momentem odliczenia jest faktyczne ich otrzymanie.

W przypadku wskazania błędnych danych odbiorcy jednostki samorządu terytorialnego na fakturze w Krajowym Systemie e-Faktur, korekty dokonuje się poprzez wystawienie faktury korygującej do zera oraz nowej faktury z poprawnymi danymi, co jest niezbędne dla poprawności systemowej.