Podatek cukrowy nalicza się na podstawie całkowitej zawartości cukrów w napoju, niezależnie od ich naturalnego pochodzenia. Dodane cukry oraz naturalnie występujące cukry w napojach nie spełniających kryteriów wyłączenia są łączone do obliczenia całkowitej opłaty według ustawy o zdrowiu publicznym.

Brak obowiązku naliczenia i odprowadzenia opłaty od środków spożywczych w przypadku nabycia oraz sprzedaży napojów, o których mowa w art. 12a ust. 1 ustawy, na rzecz nabywców mających siedzibę poza terytorium Rzeczypospolitej Polskiej, którzy nie wprowadzili, nie wprowadzają i nie będą wprowadzać ww. napojów na terytorium RP