Jeżeli faktury są wystawiane w imieniu i na rzecz podatnika przez nabywcę, który nie posługuje się polskim NIP, takie transakcje są zwolnione z obowiązku wystawiania faktur ustrukturyzowanych przez KSeF zgodnie z § 2 pkt 5 rozporządzenia Ministra Finansów.

Zakładany model akceptacji faktur wystawionych w ramach samofakturowania, polegający na ich zatwierdzaniu przez dostawcę przed przesłaniem do KSeF, spełnia przesłanki określone w art. 106d ustawy o VAT. Odliczenie podatku naliczonego jest możliwe z faktur wystawionych poza KSeF po 31 stycznia 2026 r., o ile spełniono inne ustawowe wymogi.

Zgodnie z przepisami o VAT, akceptacja faktur w procedurze samofakturowania musi poprzedzać ich wprowadzenie do KSeF, a brak takiej akceptacji przed przesłaniem wyklucza możliwość odliczenia VAT. Wprowadzenie faktur z błędami do KSeF wymaga wystawienia faktury korygującej w celu poprawienia tych błędów.

Wystawienie faktury korygującej do zera dla pierwotnej faktury VAT dokumentującej rzeczywiste zdarzenie gospodarcze, nie rodzi obowiązku zapłaty podatku na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, przy jednoczesnym braku prawa do odliczenia podatku naliczonego, jeśli faktura nie była zaakceptowana przez sprzedawcę.

Podatnicy dokonujący samofakturowania dla dostawców zarejestrowanych do VAT w Polsce, lecz bez stałej siedziby, nie są zobowiązani do wystawiania faktur przez KSeF, chyba że uzyskają autoryzację i uprawnienia od zagranicznego dostawcy zgodnie z art. 106ga ust. 4 ustawy o VAT.