Przychód ze sprzedaży ogółu praw i obowiązków w spółce komandytowej pomniejsza się o wydatki na nabycie lub objęcie udziału, z wyłączeniem udziałów nabytych w drodze darowizny, a wartość wkładu wycofanego ze spółki nie obniża wtedy przychodu.

Spółka będąca następcą prawnym przekształconego zakładu budżetowego ma prawo zaliczać do kosztów uzyskania przychodów odpisy amortyzacyjne od środków trwałych wniesionych na pokrycie kapitału, niezależnie od ich wcześniejszej amortyzacji w zakładzie.

Koszty uzyskania przychodów z odpłatnego zbycia udziałów w spółce przekształconej winny być ustalane na podstawie wydatków na nabycie bądź objęcie udziałów w spółce przekształcanej z uwzględnieniem uzyskanej nadwyżki przychodów, zgodnie z art. 23 ust. 1 pkt 38 i art. 22 ust. 1t ustawy o PIT.

W przypadku sprzedaży udziałów w spółce z o.o. powstałej z przekształcenia spółki komandytowej, kosztem uzyskania przychodu jest wartość majątku spółki komandytowej z dnia przekształcenia, przypadająca na wspólnika, a proporcjonalna do jego udziału.

Koszt uzyskania przychodu ze zbycia udziałów w spółce z o.o., powstałej z przekształcenia spółki komandytowej, może być równy wartości majątku tej spółki przypadającego na wspólnika na dzień jej przekształcenia, co wyklucza podwójne opodatkowanie.

Przekształcenie spółki z o.o. w prostą spółkę akcyjną nie skutkuje utratą prawa do zaliczania w koszty podatkowe hipotetycznych odsetek ani obowiązkiem korekty tych odliczeń, o ile spełnione są warunki z art. 15cb ustawy o CIT, zgodnie z zasadą sukcesji podatkowej z art. 93a Ordynacji podatkowej.

Objęcie udziałów w spółce z ograniczoną odpowiedzialnością w zamian za wkład pieniężny, nawet gdy ich wartość nominalna jest niższa od wartości rynkowej, nie powoduje powstania przychodu podatkowego zgodnie z ustawą o PIT.

Kosztem uzyskania przychodu z tytułu sprzedaży udziałów w spółce z o.o. przekształconej ze spółki komandytowej jest wartość majątku przypadająca na udziałowca, wyceniona na dzień przekształcenia, odzwierciedlając realny koszt ekonomiczny poniesiony przez wspólników.

Połączenie odwrotne, polegające na przejęciu spółki dominującej przez jej spółkę zależną, które odbywa się bez podwyższenia kapitału zakładowego i z uzasadnionych przyczyn ekonomicznych, nie kreuje przychodu podatkowego na gruncie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.

Wypłata zysków wypracowanych przez spółkę jawną po jej przekształceniu w spółkę z o.o. stanowi przychód z tytułu udziału w zyskach osób prawnych podlegający opodatkowaniu, jeżeli niepoprzedzona była uchwałą o wypłacie przed przekształceniem. Kosztami uzyskania przychodów ze zbycia udziałów w przekształconej spółce są wydatki na nabycie udziałów oraz proporcjonalna część zatrzymanych zysków.

Przychód uzyskany z dobrowolnego umorzenia udziałów w spółce przekształconej należy kwalifikować jako przychód z kapitałów pieniężnych, a kosztem uzyskania przychodu jest wartość bilansowa majątku spółki przekształcanej z dnia przekształcenia.

Spółka powstała w wyniku przekształcenia ma prawo do sukcesji podatkowej, obejmującej odliczenie VAT z faktur sprzed przekształcenia oraz prawo do rozliczania faktur korygujących związanych z działalnością poprzednika, o ile nie generują one zaległości podatkowych.

Wypłata zysków zatrzymanych przed przekształceniem jednoosobowej działalności w spółkę z o.o. nie podlega opodatkowaniu estońskim CIT, a obciążenia klientów nie będą uznane za wydatki niezwiązane z działalnością gospodarczą, lecz spółka przekształcona nie jest podatnikiem rozpoczynającym działalność, co wyklucza stosowanie obniżonej stawki podatkowej.

Przekształcenie spółki komandytowo-akcyjnej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością powoduje kontynuację roku podatkowego spółki przekształcanej; zmiana roku podatkowego na kalendarzowy staje się efektywna po zakończeniu kontynuowanego roku podatkowego.

Przekształcenie spółki komandytowej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością nie wymaga zamknięcia ksiąg rachunkowych podatkowo, a rok podatkowy przekształcanej spółki jest kontynuowany, zgodnie z postanowieniami ustawy CIT oraz zasadą sukcesji z Ordynacji Podatkowej.

W przypadku przekształcenia spółki komandytowo-akcyjnej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością nie ma obowiązku zamknięcia ksiąg rachunkowych, a rok podatkowy spółki przekształcanej jest kontynuowany przez spółkę przekształconą. Zmiana roku podatkowego na kalendarzowy staje się możliwa po zakończeniu obecnego roku podatkowego.

Przekształcenie spółki z o.o. w jawną jest neutralne podatkowo, gdy brak niepodzielonych zysków. Likwidacja spółki jawnej nie powoduje przychodu podatkowego z samego wydania składników majątku, chyba że składniki te zostaną odpłatnie zbyte przed upływem określonego terminu. Spółka jawna, po przekształceniu, zobowiązana jest do prowadzenia ksiąg rachunkowych od momentu rejestracji.

Wypłaty z obniżonego kapitału zapasowego spółki z o.o., które w szczególności obejmują zyski wygenerowane przed przekształceniem jednoosobowej działalności gospodarczej w spółkę z o.o., stanowią dla wspólnika przychód z tytułu udziału w zyskach osób prawnych, podlegający opodatkowaniu zryczałtowanym podatkiem dochodowym od osób fizycznych.

Kontynuacja roku podatkowego spółki przekształcanej w przypadku przekształcenia spółki komandytowo-akcyjnej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością jest prawidłowa, gdyż brak jest obowiązku zamknięcia ksiąg rachunkowych na potrzeby podatkowe, z uwagi na utrzymanie statusu podatnika CIT w obu formach spółek.

Przekształcenie jednoosobowej działalności gospodarczej w jednoosobową spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością, zgodne z Kodeksem spółek handlowych, nie podlega opodatkowaniu VAT, nie powoduje obowiązku przeprowadzenia spisu z natury ani korekty podatku naliczonego, a sukcesja obejmie jedynie prawa, bez zobowiązań podatkowych.

Podstawą opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych przy przekształceniu jednoosobowej działalności gospodarczej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością stanowi wyłącznie wartość kapitału zakładowego. Nadwyżka wartości bilansowej przekazywana na kapitał zapasowy spółki nie podlega opodatkowaniu podatkiem PCC.

Koszt uzyskania przychodu z odpłatnego zbycia udziałów spółki kapitałowej powstałej z przekształcenia pojedynczej działalności gospodarczej ustala się na podstawie wartości składników majątku kapitałowego z ksiąg, nieprzekraczającej wartości rynkowej z dnia objęcia wspomnianych udziałów.

Wypłata przez spółkę przekształconą z przedsiębiorcy, dotycząca zysków wypracowanych przed przekształceniem, które zostały wykazane na kapitale zapasowym, nie podlega opodatkowaniu CIT estońskim, jeżeli zyski te były wypracowane przed okresem opodatkowania ryczałtem, zgodnie z art. 28m ust. 1 pkt 1 ustawy o CIT.

Wypłata zysku z kapitału zapasowego przez spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością powstałą z przekształcenia jednoosobowej działalności gospodarczej na rzecz jej byłego właściciela stanowi przychód z tytułu udziału w zyskach osób prawnych, podlegający opodatkowaniu podatkiem dochodowym, pomimo wcześniejszego opodatkowania tych zysków jako dochodów z działalności gospodarczej.