Połączenie spółki komandytowej przez przejęcie przez spółkę kapitałową nie skutkuje powstaniem przychodu podatkowego, gdy zachowane zostaną przyczyny ekonomiczne uzasadniające transakcję oraz odpowiednie wartości majątkowe w księgach rachunkowych, neutralizując skutki konfuzji, z wyłączeniem art. 12 ustawy o CIT.

Prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego przysługuje, gdy faktury dokumentujące wynagrodzenie wspólników za prowadzenie spraw spółki komandytowej spełniają warunki opodatkowania, a nabywane świadczenia służą prowadzeniu działalności gospodarczej opodatkowanej VAT.

Wydatkiem na objęcie udziału w spółce komandytowej, dokonanym przed datą uzyskania przez tę spółkę statusu podatnika CIT nie jest rynkowa wartość wniesionego wkładu, lecz koszt historyczny jego nabycia. Tym samym, zwolnienie z podatku dochodowego od wartości likwidacyjnej majątku odnosi się jedynie do kosztu historycznego nabycia udziałów.

W przypadku przekształcenia spółki komandytowej w spółkę z o.o., spółka z o.o., jako następca prawny, pełni funkcję płatnika zryczałtowanego podatek PIT od zysków wypracowanych przez komandytową. Przy dochodach z zysków przypadających na komplementariuszy stosuje się pomniejszenie na podstawie art. 30a ust. 6a-6c PIT; zwolnienia z art. 21 ust. 51a nie znajdują zastosowania przy określonym przekroczeniu

Częściowe wycofanie wkładu przez wspólnika ze spółki komandytowej, po uzyskaniu przez nią statusu podatnika CIT, skutkuje powstaniem przychodu z kapitałów pieniężnych, podlegającego opodatkowaniu 19% stawką. Nie stanowi ono przychodu z pozarolniczej działalności gospodarczej.

Wynagrodzenie z odpłatnego przeniesienia udziałów w spółce przekształconej na rzecz tej spółki w celu ich dobrowolnego umorzenia stanowi przychód z kapitałów pieniężnych, z tytułu odpłatnego zbycia udziałów (art. 17 ust. 1 pkt 6 ustawy o PIT), a koszt uzyskania przychodu wyznacza bilansowa wartość majątku spółki przekształcanej, równa udziałom przekształceniowym.

W przypadku wypłat odsetek na rzecz spółki komandytowej będącej podmiotem transparentnym podatkowo, organ podatkowy wymaga spełnienia warunku bezpośredniego posiadania udziałów przez komandytariusza, co oznacza, że zwolnienie z podatku u źródła na podstawie art. 21 ust. 3 ustawy o CIT nie znajduje zastosowania.

Wpisanie zmiany w KRS odnośnie składu wspólników spółki komandytowej ma charakter deklaratoryjny i nie wpływa na możliwość korzystania z ryczałtu od dochodów spółek, jeśli umowa zbycia praw wspólnika była skuteczna przed rozpoczęciem stosowania ryczałtu.

Wynagrodzenie komandytariusza za prowadzenie spraw spółki komandytowej, przewidziane umową spółki, może zostać uznane za koszty uzyskania przychodów pod warunkiem spełnienia przesłanek art. 15 ust. 1 ustawy o CIT, jako wydatek racjonalny i gospodarczo uzasadniony.

Z tytułu wypłaty zatrzymanych zysków przez spółkę przekształconą w spółkę z o.o., spółka może zastosować zwolnienie z art. 22 ust. 4e ustawy o CIT przy braku negatywnych przesłanek z ust. 4f, zapewniając komandytariuszowi 50% zwolnienia, nie więcej jednak niż 60 000 zł rocznie.

Dochody osiągnięte przez podatnika z tytułu udostępniania licencji na oprogramowanie wytworzone w ramach działalności badawczo-rozwojowej można opodatkować według preferencyjnej 5% stawki PIT, przy spełnieniu warunków prowadzenia działalności badawczo-rozwojowej i odpowiedniej kalkulacji wskaźnika nexus zgodnie z art. 30ca ust. 1 ustawy o PIT.

Prawo do zastosowania ulgi podatkowej przy wypłacie dywidendy ze spółki komandytowej zależy od statusu wspólnika w momencie wypłaty, a nie od okresu, za który zysk został wypracowany. Ulga podatkowa jest ograniczona do łącznej kwoty dywidend wypłaconych w jednym roku. Status wspólnika decyduje o rodzaju możliwej do zastosowania ulgi zgodnie z ustawą o podatku dochodowym od osób fizycznych.

Obowiązek podatkowy u komplementariusza z tytułu udziału w zyskach spółki komandytowej powstaje dopiero po zakończeniu roku obrotowego i związany jest z uchwałą o podziale zysków; spółka nie ma obowiązku pobierania zryczałtowanego PIT przy wypłacie zaliczek na poczet zysków w trakcie roku.

Wniesienie wkładu niepieniężnego w postaci jednostek ETF do spółki komandytowej przez komandytariusza nie skutkuje powstaniem przychodu opodatkowanego podatkiem CIT po stronie spółki; natomiast koszty uzyskania przychodów z tytułu zbycia tych jednostek stanowi ich wartość rynkowa ustalona na dzień wniesienia aportu.

Wniesienie jednostek certyfikacyjnych do spółki komandytowej jako aport nie generuje przychodu podlegającego CIT, a ich rynkowa wartość ustalona na dzień aportu stanowi koszt uzyskania przychodu przy ewentualnej sprzedaży, zgodnie z art. 12 ust. 4 pkt 4 ustawy o CIT.

Zryczałtowany podatek dochodowy od zaliczek wypłacanych komplementariuszowi spółki komandytowej powinien być rozliczany po ustaleniu rocznego zobowiązania CIT spółki, umożliwiając pomniejszenie podatku PIT o proporcjonalny podatek CIT, co eliminuje podwójne opodatkowanie.

Wniesienie aportem jednostek ETF przez komandytariusza do spółki komandytowej nie stanowi czynności opodatkowanej podatkiem VAT, ponieważ nie jest działalnością gospodarczą w rozumieniu ustawy o VAT, co wyklucza status komandytariusza jako podatnika VAT w tej transakcji.

Aport jednostek ETF do spółki komandytowej przez komandytariusza, niemającego siedziby w Polsce, nie stanowi czynności podlegającej opodatkowaniu VAT, gdyż nie jest on kwalifikowany jako podatnik.

Wniesienie przez komandytariusza do spółki aportu w postaci Jednostek ETF nie stanowi działalności gospodarczej podlegającej opodatkowaniu podatkiem VAT, jako że nie działa on jako podatnik w kontekście tej transakcji. Transakcja ta pozostaje poza zakresem ustawy VAT.

Przekształcenie spółki komandytowej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością nie skutkuje powstaniem zobowiązania w podatku dochodowym od osób fizycznych dla wspólników - komandytariuszy, o ile nie dochodzi do faktycznego przysporzenia majątkowego.

Spółka komandytowa nie jest obowiązana do pobierania zryczałtowanego podatku dochodowego od wypłat zaliczek na poczet zysku wypłacanych komplementariuszowi, zgodnie z art. 30a ust. 6a ustawy o PIT, do momentu ustalenia wysokości dochodu spółki zgodnie z przepisami o CIT za dany rok podatkowy.

Wynagrodzenie wypłacane komplementariuszowi i komandytariuszowi spółki komandytowej za prowadzenie spraw spółki stanowi dla spółki ukryty zysk w rozumieniu art. 28m ust. 3 ustawy o CIT, podlegający opodatkowaniu ryczałtem od dochodów spółek na mocy art. 28m ust. 1 pkt 2 ustawy o CIT.

Do odliczenia zryczałtowanego podatku CIT od PIT przy zyskach komplementariusza w spółce komandytowej ma zastosowanie mechanizm przewidziany w art. 30a ust. 6a ustawy o PIT, umożliwiający pomniejszenie podatku PIT niezależnie od zmiany statusu wspólnika w trakcie roku podatkowego.

Spółka komandytowa jest zobowiązana do pobierania 19% zryczałtowanego podatku dochodowego od komplementariuszy przy wypłacie zaliczek na poczet zysków, bez możliwości natychmiastowego pomniejszenia podatku zgodnie z art. 30a ust. 6a ustawy o PIT, które odbywa się po zakończeniu roku podatkowego.