Podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur wystawionych poza KSeF w czasie awarii systemu, jeżeli spełnione są materialne warunki odliczenia, niezależnie od braku wymaganych kodów QR na fakturach, a prawo to realizuje się w okresie powstania obowiązku podatkowego nie wcześniej niż przy faktycznym otrzymaniu faktury.

W przypadku WNT i importu usług, zagraniczne faktury w ewidencji VAT oznaczane są jako BFK, zgodnie z rozporządzeniem. Odliczenie VAT możliwe jest w momencie otrzymania faktury zgodnej z art. 106e ustawy o VAT, nawet wystawionej poza KSeF.