Oznaczenie faktur w ewidencji JPK VAT wymaga zachowania zgodności z trybem ich wystawienia i źródłem pochodzenia; oznaczenie BFK obowiązuje dla faktur zagranicznych oraz pdf, podczas gdy korekta z ulgi na złe długi zachowuje pierwotne oznaczenie faktury. Rabaty pośrednie wymagają notyfikacji jako DI i WEW.