Organ stwierdził, że wydatki pracownicze dokumentowane fakturami wystawionymi na pracowników, spełniające wymagania ustawy o rachunkowości, mogą być uznane za koszty uzyskania przychodów. Spółka ma prawo zaliczyć do kosztów pełne kwoty brutto tych wydatków, w tym VAT, w zakresie, w jakim nie przysługuje odliczenie podatku.

Oznaczenie faktur w ewidencji JPK VAT wymaga zachowania zgodności z trybem ich wystawienia i źródłem pochodzenia; oznaczenie BFK obowiązuje dla faktur zagranicznych oraz pdf, podczas gdy korekta z ulgi na złe długi zachowuje pierwotne oznaczenie faktury. Rabaty pośrednie wymagają notyfikacji jako DI i WEW.

Dostawy towarów dokonywane przez podatnika poza terytorium Polski nie podlegają opodatkowaniu VAT w Polsce, o ile importer rozlicza VAT. Mimo to, transakcje te powinny być wykazywane w JPK_V7M, jeśli mogą wpływać na prawo do odliczenia VAT w Polsce.

Podatnik importujący towary do kraju ma prawo do odliczenia VAT, jeżeli jest zarejestrowany jako czynny podatnik w kraju importu, a obowiązek podatkowy z tytułu dostawy następuje w momencie przejścia ekonomicznego władztwa nad towarem. Podmiot bez stałego miejsca działalności w Polsce nie podlega obowiązkowi wystawiania faktur przez KSeF.