Jednostkom samorządu terytorialnego, które realizują projekt nie mający bezpośredniego związku z czynnościami opodatkowanymi VAT, nie przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego od wydatków poniesionych w ramach projektu, jeżeli projekt związany jest z działalnością publiczną i nie prowadzi do generowania dochodów opodatkowanych VAT.

Gmina decydująca się na realizację projektu odpowiadającego zarówno działalności gospodarczej, jak i niegospodarczej, posiada prawo do częściowego odliczenia podatku VAT w oparciu o ustaloną proporcję zgodnie z art. 86 ust. 2a oraz art. 90 ustawy o VAT i odpowiednimi przepisami rozporządzeń, pod warunkiem braku możliwości przypisania wydatków do konkretnych kategorii działalności.

W odniesieniu do wydatków mieszanych realizowanych w ramach projektu pn. ... (wydatków, których Gmina nie ma możliwości przypisania do poszczególnych kategorii działalności, tj. opodatkowanej VAT, zwolnionej z podatku VAT i niepodlegającej VAT), ma prawo do częściowego odliczenia podatku naliczonego w oparciu o proporcję sprzedaży, o której mowa w art. 90 ust. 3 ustawy o VAT.