Jednostki samorządu terytorialnego działając na podstawie umów cywilnoprawnych, takich jak dzierżawa, wykonują działalność gospodarczą opodatkowaną VAT, co uprawnia je do odliczenia podatku naliczonego zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT.

Prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego przysługuje podatnikowi wyłącznie w zakresie, w jakim wydatki są związane z działalnością opodatkowaną podatkiem VAT, przy czym czynności realizujące zadania własne gminy zgodnie z u.s.g., jeżeli nie są związane z działalnością opodatkowaną, wykluczają możliwość dokonania odliczenia.

Rekompensata otrzymywana przez operatora transportu publicznego od gminy, mająca na celu pokrycie strat finansowych związanych z usługami użyteczności publicznej, nie stanowi podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług, gdyż nie wpływa bezpośrednio na cenę świadczonych usług.

Jednostka samorządu terytorialnego nie ma prawa do stosowania indywidualnej metody obliczenia proporcji VAT od zakupów związanych z inwestycjami, jeżeli zaproponowana metoda nie lepiej odzwierciedla specyfiki działalności i nie jest bardziej miarodajna od metody wskazanej w odpowiednim rozporządzeniu Ministra Finansów.