Udział Muzeum w dochodach ze sprzedaży biletów na trasę turystyczną stanowi czynność opodatkowaną podatkiem VAT wymagającą wystawienia faktury dokumentującej tę sprzedaż. Muzeum przysługuje prawo do odliczenia VAT od wydatków przypisanych bezpośrednio do czynności opodatkowanych, zaś w przypadku kosztów niemożliwych do przypisania w pełni, konieczne jest stosowanie proporcji odliczenia.

Dotyczy opodatkowania pożyczki, która może zostać umorzona oraz prawa do odliczenia podatku naliczonego od wydatków poniesionych na realizację projektu.

Który dotyczy ustalenia: - czy dochód stanowiący równowartość dokonanych przez Muzeum wpłat na PFRON, poniesionych kosztów reprezentacji oraz zapłaconych odsetek za zwłokę z tytułu nieterminowych wpłat należności budżetowych i innych należności, do których stosuje się przepisy Ordynacji podatkowej, niezaliczonych do kosztów uzyskania przychodów, sfinansowanych przez Muzeum otrzymaną dotacją stanowiącą

Podatek od towarów i usług w zakresie uznania Fundacji za podatnika podatku od towarów i usług z tytułu oddania kolekcji dzieł sztuki Fundacji w depozyt Muzeum oraz zwolnienia od podatku usług oddania kolekcji dzieł sztuki Fundacji w depozyt Muzeum.