Podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego z faktur zakupowych wystawionych poza Krajowym Systemem e-Faktur, mimo istniejącego obowiązku ich ustrukturyzowanego wystawienia, pod warunkiem, że transakcje są rzeczywiste, związane z działalnością opodatkowaną i nie zachodzą negatywne przesłanki wyłączające to prawo.

Oznaczenie faktur w ewidencji JPK VAT wymaga zachowania zgodności z trybem ich wystawienia i źródłem pochodzenia; oznaczenie BFK obowiązuje dla faktur zagranicznych oraz pdf, podczas gdy korekta z ulgi na złe długi zachowuje pierwotne oznaczenie faktury. Rabaty pośrednie wymagają notyfikacji jako DI i WEW.

Odbiór zapłaty za wyroby węglowe przez finalnego nabywcę nieposiadającego numeru NIP nie jest wystarczającym dowodem na odbiór faktury dokumentującej sprzedaż wyrobów węglowych, zbędnym do realizacji zwolnienia akcyzowego zgodnie z art. 31a ust. 3i ustawy o podatku akcyzowym.