Rekompensata wypłacana przez gminę za świadczenie usług publicznego transportu zbiorowego, która ma na celu pokrycie strat działalności, nie wchodzi w podstawę opodatkowania VAT, gdyż nie stanowi wynagrodzenia za usługę ani subwencji bezpośrednio związanej z ceną świadczonych usług przewozowych, zgodnie z art. 29a ust. 1 ustawy o VAT oraz orzecznictwem TSUE.
Miastu przysługuje prawo do odliczenia pełnej kwoty VAT poniesionego na wydatki infrastruktury autobusowej, jako że służą one celom opodatkowanym VAT, a nieodpłatne przejazdy towarzyszą działalności gospodarczej prowadzonej przez Miasto i nie prowadzą do wykonywania czynności poza działalnością gospodarczą.
Uznanie nieodpłatnego udostępnienia autobusów na podstawie umowy cywilnoprawnej związkowi za czynność niepodlegającą opodatkowania oraz braku uznania wnioskodawcy za podatnika z tytułu wykonywania tych czynności.
Brak opodatkowania nieodpłatnego udostępnienia Spółce nabytych w ramach realizacji Projektu autobusów i urządzeń, brak prawa do odliczenia podatku naliczonego od wydatków na realizację Projektu.