Zgodnie z art. 24 ust. 8 ustawy o PIT, przejęcie Spółki Przejmowanej przez Spółkę Przejmującą nie skutkuje powstaniem dochodu podlegającego opodatkowaniu na moment połączenia, jeśli warunki art. 24 ust. 8da i 8db są spełnione. Dochód zostanie opodatkowany dopiero przy zbyciu udziałów.

Spółka komandytowo-akcyjna nie ma obowiązku pobierania zryczałtowanego podatku dochodowego od zaliczek na poczet zysku wypłacanych komplementariuszom w trakcie roku podatkowego; pobór taki następuje dopiero po zakończeniu roku, gdy dochód spółki uzasadnia obliczenie podatku należnego.

Spółka komandytowo-akcyjna, wypłacając zaliczki na zyski komplementariuszom, jest zobowiązana do poboru zryczałtowanego podatku dochodowego dopiero po ustaleniu podatku CIT należnego od dochodu za cały rok podatkowy, gdyż tylko wtedy możliwe jest prawidłowe obliczenie podatku według zasad określonych w ustawie o podatku dochodowym od osób fizycznych.

Składki na ubezpieczenia społeczne opłacane przez spółkę komandytowo-akcyjną za jej komplementariuszy nie stanowią kosztów uzyskania przychodów. Brak jest wymogu prawnego do ich opłacania przez spółkę, a także nie istnieje bezpośredni związek tych kosztów z uzyskiwanymi przychodami.

Wniesienie wkładów niepieniężnych do spółki komandytowo-akcyjnej, objęte VAT, nie podlega opodatkowaniu PCC jako zmiana umowy spółki, zgodnie z dyrektywą 2008/7/WE i utrwaloną linią orzeczniczą sądów administracyjnych oraz TSUE.

Spółka komandytowo-akcyjna wypłacająca komplementariuszom zaliczki na poczet zysku w trakcie roku podatkowego nie jest zobowiązana do pobierania zryczałtowanego podatku dochodowego, zgodnie z art. 30a ust. 1 pkt 4 PDOFizU, do czasu rozliczenia podatkowego zysków w oparciu o zasady określone w art. 30a ust. 6a-6e PDOFizU.

Spółka komandytowo-akcyjna, wypłacając komplementariuszowi w roku podatkowym zaliczki na poczet zysku, nie ma obowiązku pobierania zryczałtowanego podatku dochodowego przed złożeniem zeznania CIT-8, gdyż przesłanki do obliczenia należnego podatku PIT powstają dopiero po zakończeniu roku podatkowego.

Wniesienie aportu przez komandytariusza w formie certyfikatów ETF do spółki komandytowej nie powoduje powstania przychodów podlegających opodatkowaniu podatkiem CIT; za koszt uzyskania przychodów przy sprzedaży tych certyfikatów uznaje się ich wartość rynkową ustaloną na dzień aportu. (art. 12 ust. 4 pkt 4 i art. 15 ust. 1 w zw. z art. 16 ust. 1 pkt 8 ustawy o CIT)

Wypłata komplementariuszowi częściowego zwrotu wkładu pieniężnego nie powoduje obowiązku spółki komandytowo-akcyjnej pełnienia funkcji płatnika zryczałtowanego podatku dochodowego, o ile przychód ze zwrotu wkładu nie przewyższa kosztów uzyskania przychodu.

Wypłata zysku przypadającego na komplementariusza w spółce komandytowo-akcyjnej kwalifikuje się do odliczenia podatkowego przewidzianego w art. 30a ust. 6a ustawy PIT. Natomiast zysk wypłacony akcjonariuszowi, będącemu jednocześnie komplementariuszem, nie może korzystać z tego pomniejszenia, ze względu na różne tytuły udziału w zysku.

Przekształcenie spółki komandytowo-akcyjnej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością nie skutkuje dla wspólników powstaniem przychodu, a w efekcie nie rodzi zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób fizycznych.

Podstawą opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych w przypadku podwyższenia kapitału zakładowego w spółce komandytowo-akcyjnej jest suma, o którą podwyższono kapitał zakładowy, przy czym agio emisyjne nie podlega opodatkowaniu, a obowiązek podatkowy powstaje z chwilą zmiany umowy spółki.

Przekształcenie spółki komandytowo-akcyjnej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością, które nie skutkuje podwyższeniem kapitału zakładowego ponad wcześniej opodatkowaną wartość wkładów, nie kreuje zobowiązania podatkowego ze względu na zastosowanie zwolnienia, mimo iż powoduje powstanie obowiązku podatkowego.

Połączenie spółek kapitałowych i osobowych zgodnie z art. 515 i 5151 ksh, przy spełnieniu wymogów art. 12 ust. 4 pkt 3e ustawy o CIT, nie skutkuje powstaniem przychodu na gruncie art. 12 ust. 1 pkt 8c i 8d ustawy o CIT. Przychód wynikający z art. 12 ust. 1 pkt 8f wystąpi, gdy udział w kapitale zakładowym Spółki Przejmującej w Spółkach Przejmowanych jest poniżej 10%, chyba że przeciwnie zastrzeżono.

Pożyczka udzielona spółce komandytowo-akcyjnej przez jej wspólnika nie może korzystać ze zwolnienia z podatku przewidzianego dla spółek kapitałowych w art. 9 pkt 10 lit. i) ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych. W świetle prawa krajowego, spółka ta traktowana jest jako osobowa, co wyłącza możliwość stosowania przedmiotowego zwolnienia.

Pożyczka udzielona przez akcjonariusza spółce komandytowo-akcyjnej kwalifikowanej jako spółka kapitałowa podlega zwolnieniu z podatku od czynności cywilnoprawnych na podstawie art. 9 pkt 10 lit. i) ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych.

Wynagrodzenie Komplementariusza za prowadzenie spraw Spółki oraz świadczenia niepieniężne stanowi ukryty zysk podlegający opodatkowaniu ryczałtem od dochodów spółek, gdyż związane jest z prawem do udziału w zysku zgodnie z art. 28m ust. 3 ustawy o CIT.

Wypłaty na rzecz wspólników spółki komandytowej lub komandytowo-akcyjnej z tytułu zobowiązania długoterminowego, powstałego w wyniku przekształcenia i przeksięgowania kapitału zapasowego, nie podlegają dodatkowi podatkowemu, gdyż wcześniej opodatkowane zyski nie stanowią nowego przychodu podatkowego.

Kontynuacja roku podatkowego spółki przekształcanej w przypadku przekształcenia spółki komandytowo-akcyjnej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością jest prawidłowa, gdyż brak jest obowiązku zamknięcia ksiąg rachunkowych na potrzeby podatkowe, z uwagi na utrzymanie statusu podatnika CIT w obu formach spółek.

W przypadku przekazania udziałów w ramach datio in solutum koszty uzyskania przychodów obejmują wydatki poniesione na nabycie ich w momencie wymiany, w tym zarówno kapitał zakładowy, jak i zapasowy, co znajduje potwierdzenie w przepisach Ustawy CIT dotyczących kosztów związanych z wymianą udziałów.

W razie obniżenia udziału kapitałowego w spółce komandytowo-akcyjnej, powstałej z przekształcenia spółki z o.o., koszty uzyskania przychodu wykazuje się według wartości bilansowej majątku spółki z o.o. na dzień przekształcenia, odpowiadającej udziałowi podatnika w kapitale tej spółki.

Koszty uzyskania przychodu w przypadku obniżenia udziału kapitałowego w spółce komandytowo-akcyjnej ustala się na podstawie wartości bilansowej majątku spółki z o.o. na moment jej przekształcenia, zgodnie z art. 23 ust. 1 pkt 38 ustawy o PIT, przy uwzględnieniu sukcesji uniwersalnej między spółkami.

Sprzedaż niezabudowanej działki o przeznaczeniu budowlanym, objętej miejscowym planem zagospodarowania przestrzennego, stanowi opodatkowaną dostawę towarów w rozumieniu art. 7 ust. 1 w związku z art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT, bez możliwości zastosowania zwolnienia z art. 43 ust. 1 pkt 9 tejże ustawy. Organ potwierdził prawidłowość opodatkowania transakcji podatkiem VAT.

Wypłata zaliczek na poczet zysku komplementariuszowi przez spółkę komandytowo-akcyjną nie rodzi obowiązku poboru zryczałtowanego podatku dochodowego w trakcie roku podatkowego; obowiązek ten powstaje dopiero po zakończeniu roku kalendarzowego, gdy znana jest całkowita wysokość dochodu i podatku spółki.