W rozliczeniach rocznych PIT-40 sporządzanych przez płatnika na wniosek podatnika często występują niedopłaty i nadpłaty podatku. Na płatniku ciąży wówczas obowiązek ich rozliczenia, tj. pobrania niedopłaty podatku z dochodów podatnika, a w przypadku nadpłaty podatku - zaliczenia jej na poczet zaliczki na podatek albo zwrotu w gotówce podatnikowi.