O tym, czy podmiot zagraniczny musi wystawiać faktury w KSeF, decyduje to, czy posiada on w Polsce stałe miejsce prowadzenia działalności oraz czy uczestniczy ono w transakcji. Dla polskich podatników istotne jest natomiast, kiedy mają obowiązek udostępnienia faktur podmiotom zagranicznym poza KSeF, a kiedy nie muszą tego robić. Obie te kwestie wyjaśnił Minister Finansów w objaśnieniach z 28 stycznia

Organ, wskazując na powiązania personalne między spółkami, nie wskazał konkretnego przepisu, który z takimi powiązaniami wiąże zakaz zwrotu VAT. A tylko wtedy można było go odmówić - wyrok WSA w Warszawie (sygn. akt III SA/Wa 1400/05).