Podatnicy prowadzący pkpir mają obowiązek dokonywania zapisów w księdze w języku polskim i w walucie polskiej, na podstawie prawidłowych i rzetelnych dowodów księgowych. Podstawą zapisów w pkpir są dowody księgowe, którymi są: 1) faktury VAT, w szczególności faktury VAT marża, faktury VAT RR, faktury VAT MP, dokumenty celne, rachunki oraz faktury korygujące i noty korygujące, lub 2) inne dowody, stwierdzające

Rozliczenia finansowe pomiędzy uczelniami nie są świadczeniem usług i nie podlegają opodatkowaniu VAT oraz nie wymagają fakturowania. Dla ich udokumentowania wystarczająca jest nota księgowa - wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Rzeszowie z 16 grudnia 2010 r. (sygn. akt I SA/Rz 760/10).