Wynagrodzenie wypłacane wspólnikom z tytułu powtarzających się świadczeń niepieniężnych świadczonych na rzecz spółki, nieprzewidziane w wyłączeniach art. 28m ust. 4 ustawy o CIT, stanowi ukryty zysk i podlega opodatkowaniu Estońskim CIT.

Przekształcenie spółki cywilnej w spółkę z o.o. pozostaje neutralne podatkowo, lecz wypłata zysków wypracowanych przed przekształceniem, dokonana w wyniku obniżenia kapitału rezerwowego, generuje podlegający opodatkowaniu przychód dla wspólników.

W przypadku zmiany proporcji udziału w zysku spółki komandytowej podczas roku podatkowego, ostateczne opodatkowanie dochodu wspólnika za ten rok należy ustalić według udziału w zysku obowiązującego na ostatni dzień roku podatkowego, niezależnie od wcześniejszych zaliczek podatkowych opłacanych zgodnie z proporcją sprzed zmiany.

Wypłata niewypłaconych zysków spółki jawnej, przeznaczonych do podziału uchwałą przed przekształceniem w spółkę z o.o., nie podlega opodatkowaniu zryczałtowanym podatkiem od dywidend. Spółka z o.o. nie pełni funkcji płatnika z tytułu tej wypłaty, gdyż zysk pochodzi z działalności transparentnej podatkowo przed przekształceniem.

Wynagrodzenie Prezesa Zarządu spełnia kryteria wyłączenia z opodatkowania jako ukryty zysk, o ile mieści się w określonym limicie, zaś wynagrodzenie Prokurenta całkowicie stanowi ukryty zysk, jako że nie może być przypisane do kategorii wyłączających w ramach ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.

Wypłata zysków wypracowanych przed okresem opodatkowania estońskim CIT, nawet jeśli następuje w trakcie stosowania tego reżimu, nie podlega opodatkowaniu ryczałtem. Zyski wypracowane w okresie estońskiego CIT, ale przeznaczone do wypłaty po jego zakończeniu, podlegają opodatkowaniu ryczałtem.

Zryczałtowany podatek dochodowy od dochodów z zysku wypracowanego w okresie estońskiego CIT, podlega pomniejszeniu o kwotę przypadającego ryczałtu, bez względu na moment podziału zysków.

Wypłata niepodzielonych zysków spółki jawnej po jej przekształceniu w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością, które uprzednio były rozliczone podatkowo, nie skutkuje obowiązkiem ich ponownego opodatkowania, ani nie powoduje obowiązków płatnika po stronie spółki przekształconej.

Niepodzielone zyski spółki jawnej wypłacone po przekształceniu w spółkę z o.o., opodatkowane wcześniej na poziomie wspólników lub spółki, są wolne od ponownego opodatkowania PIT/CIT, a spółka z o.o. nie jest płatnikiem podatku od tych zysków.

Przychody uzyskiwane przez Spółkę od podmiotu powiązanego, przekraczające 50% przychodów, stanowią przychody z transakcji wytwarzających wartość dodaną, co uprawnia do opodatkowania dochodów ryczałtem od dochodów spółek, spełniając warunki art. 28j ust. 1 pkt 2 lit. g ustawy o CIT.

Wynagrodzenie wypłacane przez spółkę A spółce B za usługi podwykonawstwa, ustalone na warunkach rynkowych, nie stanowi ukrytych zysków w rozumieniu art. 28m ust. 3 ustawy o CIT, a zatem nie podlega opodatkowaniu ryczałtem od dochodów spółek.

Używanie przez wspólników pojazdów spółki do celów prywatnych skutkuje powstaniem ukrytych zysków, a podstawę opodatkowania ryczałtem stanowią 50% wydatków eksploatacyjnych w danym okresie rozliczeniowym. Opodatkowanie ma miejsce za cały miesiąc użytkowania prywatnego.

Transakcje X Sp. z o.o. z podmiotem powiązanym, dotyczące zarządzania magazynem i kompletacji zamówień, nie kwalifikują się jako operacje bez wytworzenia wartości dodanej, co pozwala na stosowanie ryczałtu CIT Estońskiego. Ponadto wynagrodzenia wypłacane za towary od Podmiotu powiązanego nr 1 nie generują ukrytych zysków.

Transakcje między spółkami powiązanymi, przeprowadzane na warunkach rynkowych, nie są uznawane za ukryte zyski lub wydatki niezwiązane z działalnością gospodarczą na gruncie Estońskiego CIT. Ponadto, spółki nie mają obowiązku sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych, jeżeli nie wykazują straty netto.

Kwoty premii przyznane i wypłacone członkom zarządu, oparte na wyniku finansowym spółki, mogą być zaliczone jako koszty uzyskania przychodu w roku ich wypłaty, pod warunkiem ich związku z prowadzoną działalnością i spełnieniem pozostałych wymogów z art. 15 ust. 1 ustawy o CIT.

Wynagrodzenie z tytułu umorzenia udziałów, wypłacone ze środków pochodzących z kapitału zgromadzonego przed opodatkowaniem ryczałtem, stanowi ukryty zysk podlegający opodatkowaniu zgodnie z art. 28m ustawy o CIT.

Zastosowanie pomniejszenia podatku dochodowego od zaliczek na poczet dywidendy uzyskanych z zysków podzielonych w okresie estońskiego CIT wymaga formalnego wyodrębnienia tych zysków w kapitale spółki przed ich wypłatą, zgodnie z art. 30a ust. 19 PIT.

Premie wypłacane członkom zarządu spółki uznawane są za koszty uzyskania przychodu w roku wypłaty, pod warunkiem, że są one związane z działalnością gospodarczą i spełniają kryteria określone w art. 15 ust. 1 i 4g ustawy o CIT, występuje związek przyczynowo-skutkowy z uzyskiwanymi przychodami i premia została przyznana zgodnie z przepisami prawa oraz stosunkami pracy.

Przeniesienie prawa własności nieruchomości do spółki jawnej tytułem wkładu niepieniężnego generuje przychód, jednakże jest on zwolniony z opodatkowania na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 50b ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.

Wypłata zysku niewypłaconego przez spółkę jawną, dokonana po przekształceniu w spółkę z o.o., nie stanowi przychodu podlegającego opodatkowaniu, o ile zyski zostały wcześniej opodatkowane u wspólników.

Pożyczka udzielona przed wyborem opodatkowania ryczałtem przez spółkę komandytową nie stanowi ukrytego zysku podlegającego opodatkowaniu ryczałtem, jeśli została faktycznie wypłacona wspólnikom przed przejściem na CIT estoński.

Stawkę podatku CIT w przypadku podziału zysku wypracowanego przez spółkę opodatkowaną ryczałtem określa się według statusu podatnika (mały lub duży), ustalonego w roku, w którym podjęto uchwałę o podziale zysku.

Wypłata dywidendy ze spółki z o.o., przekształconej ze spółki komandytowej, w części dotyczącej zysków zatrzymanych wypracowanych przed uzyskaniem statusu podatnika CIT, nie skutkuje obowiązkiem poboru zryczałtowanego podatku dochodowego PIT, gdyż zyski te były już opodatkowane u wspólników.

Wypłata zysków przez spółkę z o.o., powstałą z przekształcenia spółki jawnej, z tytułu zysków uprzednio opodatkowanych u wspólników w ramach spółki jawnej, nie generuje obowiązku podatkowego w podatku dochodowym od osób fizycznych, gdyż nie stanowi nowego przychodu w rozumieniu ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.